多肽与小分子相连形成分子的rtp文件如何得到

2182356089 · 发表于 Post on 2023-7-17 22:37:53

各位老师同学好，我想请问一下大家，我想对下列图片的多肽-小分子化合物做模拟。我也想请问一下各位老师这种分子的构建top，gro，itp的思路是什么啊。我完全不知道（想到了sobtop但不知道怎么将pdb2gmx与sobtop融合）。

CHC · 发表于 Post on 2023-7-18 08:45:45

把残基K+小分子当作一个非标准残基，生成对应的rtp、hdb文件，放入到力场文件中，pdb2gmx就可调用识别这个非标准残基；
我之前参考的是这篇博文：https://zhuanlan.zhihu.com/p/87402839，生成gromos力场的参数文件；
论坛里也有：http://bbs.keinsci.com/thread-29955-1-1.html，分步骤做的；

2182356089 · 发表于 Post on 2023-7-18 08:58:42

CHC 发表于 2023-7-18 08:45
把残基K+小分子当作一个非标准残基，生成对应的rtp、hdb文件，放入到力场文件中，pdb2gmx就可调用识别这个 ...

感谢，原来是自己前面没搜索到

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-20 13:03:24

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ5里面说了非标准残基的事

2182356089 · 发表于 Post on 2023-7-28 12:57:17

sobereva 发表于 2023-7-20 13:03
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ5里面说了非标准残基的事

谢谢老师

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[GROMACS] 多肽与小分子相连形成分子的rtp文件如何得到

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