md时，提示”只支持第一矢量平行于 x 轴、第二矢量位于 xy 平面的三菱方框“如何解决

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-10-24 09:59:44

本帖最后由 Willow0114 于 2024-10-24 10:01 编辑

各位老师，我的模型是由两个蛋白复合而成的，在模拟的时候构建了一个矩形盒子(gmx editconf -f collagen.gro -o box.gro -c -d 1.2)，在跑em和npt时都可以跑，但是在进行正式md模拟时，提示“Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the second vector in the xy-plane are supported”，我应该如何解决，是改变盒子的类型和大小吗？谢谢各位老师。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-24 12:11:25

不要乱用npt这个词，这是系综的名字
和正式模拟相对的叫预平衡（eq）。本来正式模拟用的就是NPT系综

检查给正式模拟用的gro文件里的盒子信息，看是否依然是正交盒子。当前看上去是对盒子信息识别有问题

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-10-24 13:01:15

本帖最后由 Willow0114 于 2024-10-24 13:42 编辑

谢谢老师提醒，想问一下这里说“检查信息，看是否是正交盒子”具体是看gro文件里的最后几行吗？正交盒子是指什么呢？谢谢老师
进行完最小化的盒子大小

进行完预平衡的盒子大小

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[GROMACS] md时，提示”只支持第一矢量平行于 x 轴、第二矢量位于 xy 平面的三菱方框“如何解决