计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 725|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] Multiwfn导入不同来源的相同结构cif,出现严重不一致原因咨询

[复制链接 Copy URL]

82

帖子

0

威望

360

eV
积分
442

Level 3 能力者

multiwfn3.8_dev_bin_win64版本,开始运行输入cif文件名称后,依次输入100,7,1,enter,0,输出cp2k的输入文件。


使用icsd和materProject两个渠道得到的a-Fe2O3 Hematite的cif文件,从空间群、单胞参数和原子坐标来看,二者并无大体不同,但在inp文件中,两个cif输出的原子坐标反差极大,mp渠道的有12个铁原子18个氧原子,但icsd的cif对应了12个铁原子和30个氧原子。


如此严重的不一致,不知这是multiwfn的bug,还是不同来源cif规范的bug?


两对输入输出文件已上传供排查。


Fe2O3-icsd_201097.cif

3.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

fe2o3-icsd_201097.inp

4.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

Fe2O3-MP19770.cif

1.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

fe2o3-mp19770.inp

3.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112511

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-7-30 14:11:04 | 只看该作者 Only view this author
说multiwfn3.8_dev_bin_win64没意义,说清楚具体更新日期。multiwfn3.8_dev_bin_win64都更新过至少200次了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

82

帖子

0

威望

360

eV
积分
442

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-30 15:34:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-30 14:11
说multiwfn3.8_dev_bin_win64没意义,说清楚具体更新日期。multiwfn3.8_dev_bin_win64都更新过至少200次了

参考一个自动更新mua的脚本(http://bbs.keinsci.com/thread-20052-1-1.html
更新时间截图,exe文件的时间点是2023-03-30。
不知道这个自动更新操作有什么重要遗漏?


202307301532287528..png (37.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

202307301532287528..png

119

帖子

2

威望

1855

eV
积分
2014

Level 5 (御坂)

naïve

4#
发表于 Post on 2023-7-30 16:38:34 | 只看该作者 Only view this author
sigma-jlu 发表于 2023-7-30 15:34
参考一个自动更新mua的脚本(http://bbs.keinsci.com/thread-20052-1-1.html)
更新时间截图,exe文件的 ...

Development version: 3.8(dev)  Last update: 2023-Jul-28
啊哈哈哈,这4个月滚动更新的版本都不下50次了
too young, too simple, sometimes naïve

82

帖子

0

威望

360

eV
积分
442

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-30 18:34:36 | 只看该作者 Only view this author
anson 发表于 2023-7-30 16:38
Development version: 3.8(dev)  Last update: 2023-Jul-28
啊哈哈哈,这4个月滚动更新的版本都不下50 ...

抱歉,因为我没有更新multiwfn的版本,浪费了您的宝贵时间在无意义的问题上。
我刚刚在http://sobereva.com/multiwfn/ 将程序更新到28Jul. 2023,发现inp文件中icsd的cif文件输入产生的原子坐标信息多了18行。

更新版本的截图以及输出文件均呈上,如有遗漏请指正。



202307301834324715..png (11.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

202307301834324715..png

fe2o3-icsd_201097_ver28Jul2023gen.inp

4.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

fe2o3-mp19770_ver28Jul2023gen.inp

3.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

119

帖子

2

威望

1855

eV
积分
2014

Level 5 (御坂)

naïve

6#
发表于 Post on 2023-7-30 19:16:47 | 只看该作者 Only view this author
sigma-jlu 发表于 2023-7-30 18:34
抱歉,因为我没有更新multiwfn的版本,浪费了您的宝贵时间在无意义的问题上。
我刚刚在http://sobereva. ...

应该不是Multiwfn的问题。
我用gv6分别打开两个文件,也是一个12Fe30O、一个12Fe18O。估计是原.cif文件来源不同,构建结构的方式不一致的问题。
too young, too simple, sometimes naïve

82

帖子

0

威望

360

eV
积分
442

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-31 09:13:28 | 只看该作者 Only view this author
anson 发表于 2023-7-30 19:16
应该不是Multiwfn的问题。
我用gv6分别打开两个文件,也是一个12Fe30O、一个12Fe18O。估计是原.cif文件 ...

看cif文件内部信息吧,如果我能一眼看出哪里有问题,我也不会发帖咨询。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 15:32 , Processed in 1.561184 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list