构建膜蛋白时，如何指定组氨酸不同的状态

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-11 09:41:18

想要利用gromacs模拟膜蛋白和多肽的相互作用，多肽和膜蛋白均含有组氨酸，在使用薛定谔进行蛋白质准备阶段，发现这些组氨酸有不同的质子化状态，charmm-gui中只能指定组氨酸的某一种状态，如果不指定组氨酸状态的话，对结果影响大吗，或者说在使用charmm-gui构建膜蛋白体系时，如何指定组氨酸的不同状态？

二十一 · 发表于 Post on 2023-8-11 10:48:38

蛋白质立场中可以定义组氨酸的三种质子化状态。charmm-gui运行第一步step1，就是将蛋白与底物结合，并加氢。我本人就是将蛋白质文件中组氨酸手动修改成HSE/HSD/HSP（自己想要的质子化状态），运行charmm-gui时，程序根据立场文件加氢。

我觉得不指定组氨酸不在蛋白活性中心，应该影响不大。具体问题具体分析。

这是我个人的一点见解，不完全对，可以作为参考哈。

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-8-11 11:00:33

二十一发表于 2023-8-11 10:48
蛋白质立场中可以定义组氨酸的三种质子化状态。charmm-gui运行第一步step1，就是将蛋白与底物结合，并加氢 ...

好的我试一下，谢谢

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[GROMACS] 构建膜蛋白时，如何指定组氨酸不同的状态