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[GROMACS] 求助,离子取代水报错No more replaceable solvent

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各位老师好,我构建了一个PEG+水+核酸+离子的混合溶液的盒子,其中水的体积占比是60%,按照我盒子的比例,加入的水分子为16000个,我在盒子里加入158NA+120CL,离子用水取代,但是显示“No more replaceable solvent”,但是我水分子的本身数目有16000个,为什么还会显示没有足够的溶剂取代。我之前做个乙醇+水的混合溶液,水的体积占比也为60%,这个时候水分子的数目为12000,用离子取代水分子却不会报错。然后我用packmol去构建了PEG+水+核酸+离子的混合溶液盒子作为初始结构跑模拟,这个时候却会有另一个新的问题,就是,我发现PEG和水,离子,核酸不混溶,离子在盒子的分布不均匀,我的PEG力场使用amber+antechamber生成的,读取的ff14SB+GAFF力场参数,电荷用resp拟合。DNA用的bsc1力场,水分子用的TIP3P,离子参数来自Jounga and Cheatham。为什么会有这种情况?应该如何解决?正常来说,peg的水溶性应该很好。我仿照他人文献做的结构文件和力场文件。红色的是水分子,蓝色的是peg,圆球是离子

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发表于 Post on 2024-1-23 18:48:27 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:


一个贴子里不要问两个不直接相关的问题,否则扰乱讨论秩序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 11:06:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-23 18:48
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

...

好的,谢谢老师,但是我的溶剂分子数目是离子数目的接近六十倍了,我觉得离子数目加的也不是很多,为什么还会有这种报错?

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发表于 Post on 2024-1-25 03:55:49 | 只看该作者 Only view this author
zhijiu 发表于 2024-1-24 11:06
好的,谢谢老师,但是我的溶剂分子数目是离子数目的接近六十倍了,我觉得离子数目加的也不是很多,为什么 ...

你若认为插入更多是合理的,就按ppt上说的解决
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