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[Sobtop] 求助:sobtop生成氧化铋的拓扑文件

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本帖最后由 confidence 于 2022-9-2 17:00 编辑

本人想用sobtop生成氧化铋的拓扑文件,由于并未从文献中找到对应的nonbonded parameters和bonded parameters,询问sob老师后老师说能用CP2K做振动分析结合sobtop得到,但是我用CP2K得到的out文件导入sobtop后,得到的k为0 (sobtop中在generate bonded parameters时选择7,然后导入out文件)

故现在有一些疑问:
1、我这样操作是哪里错误了吗?理论上k不应该是0吧
2、此时Bi和O原子的sigma和epsilon参数是由GAFF和UFF力场分配的,能怎么得到更加准确的吗?


此外,氧化铋cif文件(id mp-23195)从网站上下载后导入gview与原本显示键连关系不一致,导致导入sobtop后识别键连关系不准确,如图,想知道怎么解决这种情况


请各位老师方便的话解答一下疑问,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-9-2 18:53:08 | 只看该作者 Only view this author
1 把sobtop主页上涉及到基于CP2K振动分析产生拓扑文件的例子完整做一遍,对照当前情况,弄清楚原因

2 没有更准确的,除非自己冲着已知高精度理论数据或一些实验数据拟合

按照下文说的,修改gview的成键判断阈值,使得该有的键能判断出来
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-10 09:32:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-2 18:53
1 把sobtop主页上涉及到基于CP2K振动分析产生拓扑文件的例子完整做一遍,对照当前情况,弄清楚原因

2 没 ...

好的,谢谢Sob老师的回复,我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧化钛的力常数时却出现了k值为NaN的情况,请问老师这是怎么回事呢?报错是SVD is failed。

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发表于 Post on 2022-9-10 12:49:42 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-10 09:32
好的,谢谢Sob老师的回复,我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧 ...

用mSeminario方式产生
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-11 10:30:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-10 12:49
用mSeminario方式产生

谢谢Sob老师的回答,我用了mSeminario方式后的确没出现SVD failed,但是只有少数几个K值产生,老师请问这是哪里有问题吗?


我是拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析,生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件,是这里出了问题么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-12 10:31:02 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我尝试了Seminario\mSeminario\m2Seminario\DRIH方式,前三种方式都能正常finish,但是k值都是只有少数几个是有数值,大部分都是0,请问这是可以使用的么?还是说我哪里操作有误呢?
DRIH方式就会出现k值为NaN的情况。实在找不明白是哪里有问题,请各位老师帮忙解答疑问,谢谢各位老师

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发表于 Post on 2022-9-12 12:53:58 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-11 10:30
谢谢Sob老师的回答,我用了mSeminario方式后的确没出现SVD failed,但是只有少数几个K值产生,老师请问这 ...

拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析,生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件”这显然不行,输出文件里的Hessian和当前体系都不对应
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里FAQ 12
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-12 14:04:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-12 12:53
“拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析,生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件”这显然不行,输出文件里的H ...

谢谢sob老师的回答,我看了一下FAQ 12,现在把二氧化钛扩胞到72个原子再去做振动分析试试看。我看了一下FeCl2那个例子基于Hessian生成的itp文件,其键角接近的力常数值都是在一个波动不大的范围内,那我写入bonded_param.dat时力常数是只需要写一个,其数值在这个波动范围内就行吧?

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发表于 Post on 2022-9-12 14:09:43 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-12 14:04
谢谢sob老师的回答,我看了一下FAQ 12,现在把二氧化钛扩胞到72个原子再去做振动分析试试看。我看了一下F ...

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发表于 Post on 2023-7-30 09:53:51 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-9-10 09:32
好的,谢谢Sob老师的回复,我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧 ...

请问,你生成了TiO2晶胞的拓扑文件吗?是用sobtop做的?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-2 09:48:00 | 只看该作者 Only view this author
jim 发表于 2023-7-30 09:53
请问,你生成了TiO2晶胞的拓扑文件吗?是用sobtop做的?谢谢!

是的呀,用sobtop完全可以做到

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