[GROMACS] 二聚体跨膜蛋白在能量最小化出错,求助是蛋白结构问题吗?

[复制链接 Copy URL]

Nancylee0416

36 帖子	0 威望	504 eV

积分: 540

Level 4 (黑子)

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

楼主

发表于 Post on 2023-8-4 09:56:44 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

各位大佬，求助！在做跨膜蛋白的动力学模拟，蛋白结构是二聚体，用I-TASSER同源建模后，结合已有的pdb结构对部分Loop 区断链位置Val44-Lys64, Asp301-Leu328, Gly354-Tyr369补全，用spdbv补全缺失原子。进行模拟后在能量最小化的步骤一直各种报错，结合论坛中的帖子修改很多次依旧不成功，觉得还是蛋白结构的问题，但是不知如何入手检查结构错误。