计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1949|回复 Reply: 15
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助:利用cp2k得到分子得pdos

[复制链接 Copy URL]

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

各位老师好,我想使用cp2k得到溶剂体系中每种分子的pdos应该怎么做啊(类似下图),我使用cp2k里面的命令输出pdos,但是那个是几种原子的

202308182105395335..png (264.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202308182105395335..png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-8-19 04:57:56 | 只看该作者 Only view this author
按下文产生molden文件后用Multiwfn绘制DOS和PDOS。片段想怎么定义就怎么定义。CP2K自己的PDOS功能相对于强大的Multiwfn绘制DOS功能来说来说没有任何使用价值。
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 08:04:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 04:57
按下文产生molden文件后用Multiwfn绘制DOS和PDOS。片段想怎么定义就怎么定义。CP2K自己的PDOS功能相对于强 ...

感谢老师回复,我看了这两个推文,也做了一个molden文件但是还是有问题,麻烦老师帮我看看问题在哪
我首先利用下图一的过程生成1.inp得到1-RESTART.wfn
然后按照图二得到到2.inp
计算完成后得到molden文件
然后给molden文件加上盒子信息和有效核电荷数,但是用Multiwfn查看轨道信息时发现都是0
请问这个这个有什么问题嘛?

202308190802494975..png (66.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

图2

图2

202308190802025333..png (40.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

图1

图1

1.inp

37.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

2.inp

37.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-8-19 08:43:22 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-19 08:04
感谢老师回复,我看了这两个推文,也做了一个molden文件但是还是有问题,麻烦老师帮我看看问题在哪
我首 ...

那叫博文或帖子,不叫推文

说清楚“轨道信息”具体指什么。如果是指轨道能量,用OT的时候是不产生轨道能量的,http://sobereva.com/651里明确说了:

用对角化时,轨道的能量会在SCF过程中计算并最终写入到molden文件里,然而OT方式的计算则无法直接向molden文件里写入轨道能量。molden文件里没有能量信息的话自然没法做牵扯到能量的分析,比如没法绘制DOS、STM图。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 09:11:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 08:43
那叫博文或帖子,不叫推文

说清楚“轨道信息”具体指什么。如果是指轨道能量,用OT的时候是不产生轨道 ...

感谢老师指正,那老师我按照上图2里面应该molden文件里面会有轨道能量信息啊,我的那个有什么问题嘛

205

帖子

3

威望

1894

eV
积分
2159

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2023-8-19 09:22:50 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-19 09:11
感谢老师指正,那老师我按照上图2里面应该molden文件里面会有轨道能量信息啊,我的那个有什么问题嘛

你但凡打开inp文件检查一下就知道你的两个inp文件都是OT

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 09:28:08 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2023-8-19 09:22
你但凡打开inp文件检查一下就知道你的两个inp文件都是OT

老师再博文里面不是说如果第二个读取第一个的wfn文件可以得到轨道信息嘛?

202308190927244745..png (98.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202308190927244745..png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2023-8-19 11:34:06 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-19 09:28
老师再博文里面不是说如果第二个读取第一个的wfn文件可以得到轨道信息嘛?

前面说了,不要用“轨道信息”这种含糊不明有歧义的词
不管读不读之前的波函数,你用了OT就是得不到轨道能量。你的截图里红框里的文字都明确说了要用对角化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-19 17:23:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 11:34
前面说了,不要用“轨道信息”这种含糊不明有歧义的词
不管读不读之前的波函数,你用了OT就是得不到轨道 ...

收到,感谢老师回复

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-20 20:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-19 11:34
前面说了,不要用“轨道信息”这种含糊不明有歧义的词
不管读不读之前的波函数,你用了OT就是得不到轨道 ...

老师您好,这个是我计算的PDOS,请问为什么得到这种结果啊?

202308202056084236..png (157.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

PDOS

PDOS

205

帖子

3

威望

1894

eV
积分
2159

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2023-8-20 22:31:54 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-20 20:58
老师您好,这个是我计算的PDOS,请问为什么得到这种结果啊?

很正常的结果,有什么问题么

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-20 23:06:30 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2023-8-20 22:31
很正常的结果,有什么问题么

感谢回复,我看文献里面在0左右趋于0,为啥我这个有这么大区别啊

202308202305494179..png (360.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202308202305494179..png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2023-8-21 05:12:33 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-20 23:06
感谢回复,我看文献里面在0左右趋于0,为啥我这个有这么大区别啊

不同第一性原理程序用的能量零点不同,没有可比性。
要比也是把费米能级都平移到0点再比
另外,你应当要求CP2K计算出最低一批空轨道,否则DOS图没有非占据态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

162

帖子

0

威望

879

eV
积分
1041

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-21 09:09:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-21 05:12
不同第一性原理程序用的能量零点不同,没有可比性。
要比也是把费米能级都平移到0点再比
另外,你应当 ...

感谢老师,请问老师我能直接用origin处理费米能级到0eV嘛

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112440

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2023-8-22 05:07:45 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-8-21 09:09
感谢老师,请问老师我能直接用origin处理费米能级到0eV嘛

跟Origin没直接关系

Multiwfn里直接做平移就完了。直接输入费米能级值的负值就把费米能级值平移为0


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 04:47 , Processed in 0.179966 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list