求助：求Amber的一套in文件

crush · 发表于 Post on 2023-8-10 16:39:23

各位老师好，我在使用Amber20模拟蛋白小分子复合物时（300ns），RMSD波动总是大于1埃，体系总是跑不平，所以我怀疑是不是我的in文件中有些参数设置的不对。有没有老师同学分享一下自己的in文件，我想对比一下，看看问题出在哪里？万分感谢！我的蛋白和我的in文件附上。

01_min.in (757 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

02_heat.in (1.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

03_eq.in (1.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

04_prod.in (1.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

二十一 · 发表于 Post on 2023-8-11 11:26:17

这是我的amber运行脚本，可以测试一下哈哈

crush · 发表于 Post on 2023-8-11 17:21:18

二十一发表于 2023-8-11 11:26
这是我的amber运行脚本，可以测试一下哈哈

太感谢了！！

亚切ss · 发表于 Post on 2023-8-12 08:55:44

我的文件都是copy别人分享的教程文件

crush · 发表于 Post on 2023-8-12 15:39:11

亚切ss 发表于 2023-8-12 08:55
我的文件都是copy别人分享的教程文件

感谢感谢！！

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[Amber] 求助：求Amber的一套in文件