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[综合交流] 求助蛋白动力学模拟中RMSD波动问题

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各位老师们好,动力学纯小白,最近在做一个双蛋白-配体的动力学模拟,模拟时长是100ns,整个过程中感觉蛋白相对比较稳定,但是RMSD分析时发现最后20ns左右会有一个2A的波动,按原来的条件重复后还是会遇到类似的情况,请问有什么合理的解释吗
附上了两次模拟初始时和快结束时的轨迹截图,以及RMSD的计算结果,请各位老师不吝赐教

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发表于 Post on 2023-8-12 03:30:21 | 只看该作者 Only view this author
说清楚RMSD是具体怎么算的,有没有消整体运动、对谁消的,以及对什么原子统计的RMSD

可以再续算50ns看什么情况

始终记住,RMSD上的突然变化总是能从轨迹上体现,所以不知道为什么突然增高自然要做的事是结合观看轨迹来分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-12 08:26:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-12 03:30
说清楚RMSD是具体怎么算的,有没有消整体运动、对谁消的,以及对什么原子统计的RMSD

可以再续算50ns看什 ...

感谢sob老师的回复,我是使用VMD计算的,针对两个蛋白的骨架align,然后忽略OH计算的RMSD,因为轨迹上很难看出波动,所以在纠结是自己计算的问题, 还是模拟结果确实不稳定

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发表于 Post on 2023-8-12 23:38:11 | 只看该作者 Only view this author
亚切ss 发表于 2023-8-12 08:26
感谢sob老师的回复,我是使用VMD计算的,针对两个蛋白的骨架align,然后忽略OH计算的RMSD,因为轨迹上很 ...

什么叫忽略OH?
忽略羟基还是忽略氧和氢?有什么意义这么做?

另外,VMD自带的timeline插件可以显示各个时刻各个残基的RMSD,通过进行分解,一定有助于理解总RMSD出现波动的原因


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-14 13:31:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-12 23:38
什么叫忽略OH?
忽略羟基还是忽略氧和氢?有什么意义这么做?

感谢sob老师的建议,是勾选计算选项中的noH,我理解的是计算时忽略蛋白上的氢原子,另外按老师的意见延长了模拟时间,计算各时刻各残基的RMSD,发现了90ns后确实有部分氨基酸残基存在波动

RMSD氨基酸贡献图.png (531.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

RMSD氨基酸贡献图.png

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