关于氨基酸与金属离子络合的问题

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-10 22:28:07

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sobereva · 发表于 Post on 2023-8-10 23:36:52

如果你感兴趣的是络合的动态过程，应当跑AIMD（xtb、ORCA、CP2K等），而不是直接做构型搜索。本身用这种方式也可以得到络合后的构型

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-11 15:23:28

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sobereva · 发表于 Post on 2023-8-11 22:32:03

CP2K最擅长的是做周期性体系的计算，所以北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里第一性原理动力学部分也几乎都是周期性体系的例子，这才体现的是CP2K最主要价值。用CP2K不是不可以，但对这种体系不是首选，效率不如量子化学程序高。
培训里“第一性原理分子动力学” 部分明确讲了动力学怎么做，所有关键选项、技巧全都讲了，怎么用Multiwfn创建动力学的输入文件也都详细演示了，在“能量的计算及相关问题” 部分也讲了孤立体系怎么模拟，显然举一反三结合到一起就完了，没有任何特殊的。而且动力学部分“基于分子动力学获得振动光谱” 还专门给了CP2K做基于DFT的动力学模拟孤立体系的例子。

当前体系用xtb和ORCA跑动力学更适合，以后北京科音高级量子化学培训里专门详细讲，简单例子可参考
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-15 16:13:33

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keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-15 16:15:31

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sobereva · 发表于 Post on 2023-8-16 07:37:49

keyanxiaobai 发表于 2023-8-15 16:15
老师我顺便问一下，我做碳化钙与有机物质反应时，碳化钙是周期性物质，有机物质是分子，想做过渡态搜索时 ...

非常可以，非常适合

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-16 10:12:41

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wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-8-16 15:59:28

keyanxiaobai 发表于 2023-8-15 09:15
老师我顺便问一下，我做碳化钙与有机物质反应时，碳化钙是周期性物质，有机物质是分子，想做过渡态搜索时 ...

需要注意一点，这样计算往往只能算出CaC2刚接触有机物那一瞬间的反应，之后反应会导致CaC2表面上出现缺陷，很难知道缺陷的结构，之后反应很可能主要在缺陷位反应。所以这样计算的结果很难代表有机分子和CaC2反应的主要途径

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-16 19:24:07

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wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-8-16 19:33:50

keyanxiaobai 发表于 2023-8-16 12:24
老师您好，请问老师这样该怎样解决呢

对于极其迅速的反应，可以用AIMD。对于没有快到能用AIMD研究的反应，据我所知目前没有满意的解决方法

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2023-8-17 10:44:44

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[Molclus] 关于氨基酸与金属离子络合的问题