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[GROMACS] 在em时提示原子有重叠,请问怎样消除(POPC膜)

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各位老师好,我正在构建一个14*14*2=392个磷脂分子的POPC单一磷脂双分子层。
是根据GROMACS初级班的《补充内容:实例:DMPC+POPC混合膜的模拟》中的操作进行的。

在em是出现了如下报错(以前模拟蛋白质时也出现过类似问题,用amber跑一下就行了,这个是膜,不知道该怎么弄了)
Energy minimizatiion has stopped because the force on at least one atom is not finite.This usually means atoms are overlapping.


我见别的帖子有sob老师回复说是因为初始结构或者top文件不合理,初始结构其实我调整过,使用genmixmem程序时使盒子边长更大(即磷脂更松散),第一层和第二层磷脂分子的定位原子的z轴坐标增大(使上下层磷脂分子相距更远),但仍然出现了同样的问题。是因为我盒子和z轴坐标拉的还不够大吗?

上传的附件:
抱歉本来想上传pdb文件一类的,但是文件太大了无法上传
就上传一个genmixmem程序的input文件请各位老师看一下是否是最初的设置有问题。
因为单个的POPC磷脂文件是从课程的文件包里直接获取的,生成的392个磷脂组成的磷脂双分子膜后续的加盒子,调整z坐标,加水,把疏水层的水去掉,都和课程上的步骤一模一样。

但却在em时出现了分子重叠的错误,需要再把input文件里的边长和定位原子间的距离增大吗?
如果增大了也不行呢?膜是否也可以用amber用能量最小化处理一下重叠?

input.txt

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发表于 Post on 2023-8-8 02:25:22 | 只看该作者 Only view this author
论坛首页公告栏说了,诸如pdb这种文本文件,如果较大必须压缩后再试图上传

不一定是结构有问题,也可能拓扑文件有问题,或者拓扑文件和结构文件不对应(分子顺序不对应,或每个分子里的原子顺序不对应)。近距离接触的可能性通过让genmixmem把结构建得更松散再重试就可以判断。

完全用不着借助amber
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-17 12:58:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-8 02:25
论坛首页公告栏说了,诸如pdb这种文本文件,如果较大必须压缩后再试图上传

不一定是结构有问题,也可能 ...

感谢sob老师的回答。
把膜的结构调整的更松散了,目前可行了。

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