求助cp2k做团簇的分子动力学模拟设盒子的问题

cuihongqiang · 发表于 Post on 2023-6-30 11:11:58

从用amber力场模拟的分子动力学轨迹中抽取团簇构象用cp2k做MD模拟，但是不知道盒子该怎么设置，或者可不可以不设置盒子进行分子动力学模拟，提前谢谢大家的指导

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-1 07:16:01

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “cp2k做团簇的分子动力学模拟” 改了，以后务必注意

CP2K做DFT计算不可能不设盒子，毕竟用平面波作为辅助基

盒子怎么设看具体跑什么，什么体系细节都没有没法说，连构成、形状都不知道。

PS：如果之前参加过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），注意复习“能量的计算及相关问题”的“低维体系的计算”部分，里面对PSOLVER和盒子设置有非常细致的说明。

如果团簇不是很大，则建议用ORCA跑AIMD，此时完全没盒子的事，速度还很可能快于CP2K
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

chen0201 · 发表于 Post on 2023-8-28 15:35:57

sobereva 发表于 2023-7-1 07:16
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

请问老师，团簇原子数量87，加上周围水分子数量一共1000个原子左右，请问，跑MD的话哪个软件比较合适呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-28 15:48:02

chen0201 发表于 2023-8-28 15:35
请问老师，团簇原子数量87，加上周围水分子数量一共1000个原子左右，请问，跑MD的话哪个软件比较合适呢？

先说清楚什么级别下跑MD

chen0201 · 发表于 Post on 2023-8-28 15:54:56

sobereva 发表于 2023-8-28 15:48
先说清楚什么级别下跑MD

普通的从头算动力学

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-28 16:51:36

chen0201 发表于 2023-8-28 15:54
普通的从头算动力学

这种尺寸跑AIMD用CP2K几乎是唯一选择，但即便是CP2K此时耗时也较高。图更便宜可以用CP2K里的GFN-xTB，但精度和普适性比普通DFT会打折扣。某些情况可能可以用CP2K的QM/MM来节约一定时间。

chen0201 · 发表于 Post on 2023-8-28 17:17:52

sobereva 发表于 2023-8-28 16:51
这种尺寸跑AIMD用CP2K几乎是唯一选择，但即便是CP2K此时耗时也较高。图更便宜可以用CP2K里的GFN-xTB，但 ...

是的，耗时依旧很大，谢谢老师回复

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