将有机物接枝在SiO2上，用cp2k计算，有机物结构散开的问题

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-25 16:24:44

各位老师好，按照自己实验的方案，按照论文里面的方法，将聚合度为5的聚丙烯酸和N-异丙基丙烯酰胺通过硅烷连接到SiO2表面，所有的结构都提前优化好。接枝之后的结构优化，
结构优化计算细节如下：只优化原子坐标，周期性XY；冻结下面三层原子；采用DFT-D3（BJ）色散矫正；考虑GAMMA点采用OT算法；泛函是PBE，基组是 DZVP-MOLOPT-SR-GTH
优化到300多步，发现有机物的结构变得散开了，如图所示，请问老师，这是结构的问题还是说泛函的问题，或者说本来优化后的结构就是这样的。相关inp文件和out文件以及xyz轨迹文件上传网盘。

链接：https://pan.baidu.com/s/1rxUhEo7yFGKsM5-4z-ggpw?pwd=4c72
提取码：4c72

1138711019 · 发表于 Post on 2023-8-25 17:25:42

是不是LBFGS的问题啊？
或者你先用半经验的MD试试？

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-25 19:29:04

1138711019 发表于 2023-8-25 17:25
是不是LBFGS的问题啊？
或者你先用半经验的MD试试？

您的意思是调小LBFGS的置信半径或者说换成BFGS的意思吗

1138711019 · 发表于 Post on 2023-8-26 11:49:09

ddddnight 发表于 2023-8-25 19:29
您的意思是调小LBFGS的置信半径或者说换成BFGS的意思吗

可以试试调小点？
这么大体系BFGS肯定算不动啦

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-26 13:29:00

1138711019 发表于 2023-8-26 11:49
可以试试调小点？
这么大体系BFGS肯定算不动啦

调小置信半径是加速收敛，这个也会影响收敛结构吗，因为您看这个SiO2上面的有机结构都散架了

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-26 21:15:05

明显不合理。PSOLVER用MT的时候非周期性方向的盒子尺寸必须大于有显著电子分布跨度的两倍，这是CP2K常识知识。对当前体系，用Multiwfn直接产生的二维周期性体系的输入文件里的盒子的z方向不可能这么小，肯定是你自己改过盒子要么改过原子信息。

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-26 21:38:12

sobereva 发表于 2023-8-26 21:15
明显不合理。PSOLVER用MT的时候非周期性方向的盒子尺寸必须大于有显著电子分布跨度的两倍，这是CP2K常识知 ...

老师，我是用gaussview建立的z方向为37Å的真空层，然后再这个基础上把有机分子接枝到SiO2的表面，其他的没动过，您说的改过原子信息是什么意思呀。应该怎么做呀，老师，是不是在有机分子的上面还要加真空层。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-26 22:01:17

ddddnight 发表于 2023-8-26 21:38
老师，我是用gaussview建立的z方向为37Å的真空层，然后再这个基础上把有机分子接枝到SiO2的表面，其 ...

显然你改了结构了，盒子尺寸也得改。不知道改到多少合适就用Multiwfn载入改过的结构重新产生输入文件。

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-26 23:22:51

本帖最后由 ddddnight 于 2023-8-27 01:50 编辑

sobereva 发表于 2023-8-26 22:01
显然你改了结构了，盒子尺寸也得改。不知道改到多少合适就用Multiwfn载入改过的结构重新产生输入文件。

老师，我是用搭建好的gjf文件载入到Multiwfn中生成的inp文件，发现z方向的盒子长度比我设置的初始长度缩小了，想起您上课的时候说的非三维周期性的结构载入到Multiwfn中盒子的大小会异常，所以手动把Z方向的长度改成我设置的初始长度，是这个原因吗，其他的我记得好像没有改变。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-27 17:54:00

ddddnight 发表于 2023-8-26 23:22
老师，我是用搭建好的gjf文件载入到Multiwfn中生成的inp文件，发现z方向的盒子长度比我设置的初始长度缩 ...

我没这么说过
拿具体文件说事

1138711019 · 发表于 Post on 2023-8-28 13:11:13

ddddnight 发表于 2023-8-26 13:29
调小置信半径是加速收敛，这个也会影响收敛结构吗，因为您看这个SiO2上面的有机结构都散架了

调小应该减慢收敛，主要是看你这个键长变化太大了。
应该是卢老师说的那个原因，你的盒子跟结构没匹配上

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-28 16:29:47

sobereva 发表于 2023-8-27 17:54
我没这么说过
拿具体文件说事

好的老师，是我搞混了。谢谢老师的解答，现在重新生成了inp文件，收敛快多了。

ddddnight · 发表于 Post on 2023-8-28 16:30:07

1138711019 发表于 2023-8-28 13:11
调小应该减慢收敛，主要是看你这个键长变化太大了。
应该是卢老师说的那个原因，你的盒子跟结构没匹配上

谢谢您的回答，现在按照老师的说法改了，收敛快多了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] 将有机物接枝在SiO2上，用cp2k计算，有机物结构散开的问题