求助 Gromacs跑多聚体粗粒化模型,蛋白自身分离，多聚体的粒子杂糅在一起

Wey

我用Gromacs跑多聚体粗粒化模型，不处理轨迹时，各个蛋白自身也会分离，处理了轨迹，让蛋白自身保持完整，各个蛋白的粒子杂糅在一起。我尝试只跑了这个多聚体的一个蛋白，用这样的参数，也有上述情况，蛋白自身变化就很大，二级结构不在了，而且初始结构反向平行的β折叠现在相隔很远。我查看了蛋白的拓扑文件，里面bond angel dihedrals等这些信息都有，系统拓扑里也加入了各个蛋白的拓扑和martini力场文件。尝试这改以几个mdp里的参数，也还是那样。请教各位老师，可能是哪里出现了问题

附件是的多聚体其中一个蛋白的itp，以及systom.itp，以及production的mdp文件

如果这几个文件没有什么问题？小白可能有个疑问：会不会是这些力场文件没有加入到gromacs的力场库？力场文件不能成功读取会产生轨迹嘛？

ys_song

能正常跑完，大体没有什么问题，应该是VMD的显示角度没有调整好，要注意有一个周期性盒子存在

Wey

ys_song 发表于 2023-8-27 12:18
能正常跑完，大体没有什么问题，应该是VMD的显示角度没有调整好，要注意有一个周期性盒子存在

周期性盒子是被去除了，RMSD的值也很大，最小30+埃，最大高达70+埃，转化成全原子之后RMSD的值也这么大，转换后蛋白自身二级结构不在了，而且初始结构反向平行的β折叠现在相隔很远。这也可能是显示的问题嘛？粗粒化用vmd除了beads和vdw 还有其他的显示

Wey

这是没有处理时的显示

Wey

请较各位老师，这种现象可能是哪里出现错误？还是各个蛋白是个相对保守的结构，感觉就算多聚体跑粗粒化不稳定，但单独一个单体不应该变化如何之大，以至于之前反平行有相互作用的二级结构现在相距甚远