Martini下mdp文件设置不合理使脂双层和纳米颗粒无法融合

clh · 发表于 Post on 2022-10-11 08:41:47

尝试复现论文 Complex nanoemulsion for vitamin delivery: droplet organization and interaction with skin membranes。纳米粒子和脂双层都跑了至少200ns的平衡。最后把他俩放在一个盒子里，中心间隔9nm，跑了500ns，发现Z轴的水分子飞了，纳米粒子和脂双层离得更远了。请问是mdp文件设置问题吗？
此外，平衡脂双层时压力设置和最后融合的参数不一样，是否对最后融合失败有影响？：Pcoupl                = parrinello-rahman Pcoupltype             = semiisotropic
tau_p                   = 12.0
compressibility       = 0  3e-4
ref_p                   = 0  1.0
pbc                   = xyz

chengsq · 发表于 Post on 2022-10-11 10:59:24

compressibility = 3e-4 3e-4

clh · 发表于 Post on 2022-10-11 13:49:56

chengsq 发表于 2022-10-11 10:59
compressibility = 3e-4 3e-4

我跑脂双层和粒子是这样设置的，然后结果就如图所示了。

五个一 · 发表于 Post on 2022-10-22 09:27:41

楼主，我也是刚开始学做这个，请问一下，你是施加了什么约束使颗粒不散开的？谢谢

clh · 发表于 Post on 2022-10-22 14:25:08

五个一发表于 2022-10-22 09:27
楼主，我也是刚开始学做这个，请问一下，你是施加了什么约束使颗粒不散开的？谢谢

我倒是想让它散开和脂双层融合

。前面构建颗粒没有加约束，丢在盒子里自组装成球体的。应该和分子的性质有关，原料里加的甘油跑完平衡还是散落在盒子里没有聚集。

五个一 · 发表于 Post on 2022-10-23 08:37:40

clh 发表于 2022-10-22 14:25
我倒是想让它散开和脂双层融合。前面构建颗粒没有加约束，丢在盒子里自组装成球体的。应该和分子的性 ...

好的，谢谢

whuuan · 发表于 Post on 2023-9-8 13:08:57

同问，请问楼主问题解决了吗？

clh · 发表于 Post on 2023-9-8 20:44:20

whuuan 发表于 2023-9-8 13:08
同问，请问楼主问题解决了吗？

没

。后面暂时不做这方面了。

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[粗粒化/DPD] Martini下mdp文件设置不合理使脂双层和纳米颗粒无法融合

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