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[GROMACS] 求问在GROMACS中如何基于密度分布算液滴在固体表面的接触角

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Sob老师好,各位老师好,我想算一个三维的液滴在固体表面的接触角,需要界定液滴的表面在哪里,也即气相/液相的分界线在哪里。我看文献上说可以把密度达到体相液体密度50%的点作为气相/液相的分界点,这样就能基于密度统计来确定液滴在某一切面的二维轮廓,进而拟合出接触角。请问在GROMACS中可以定义类似50%的密度统计分界吗?然后输出二维轮廓。我试了gmx density和gmx densmap等,暂时也没找到好的方法。请问有老师做过类似的研究吗?是基于GROMACS的吗?还是必须后续再处理?谢谢。

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发表于 Post on 2020-4-3 19:23:45 | 只看该作者 Only view this author
液滴本身就不好办  要三维的密度分布

简化到二维用density之类可以做

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 19:49:41 | 只看该作者 Only view this author
diaok 发表于 2020-4-3 19:23
液滴本身就不好办  要三维的密度分布

简化到二维用density之类可以做

谢谢。请问所谓的二维是在建模时候就设置为圆柱而不是球形?

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发表于 Post on 2020-4-3 20:40:57 | 只看该作者 Only view this author
Tonidiswy 发表于 2020-4-3 19:49
谢谢。请问所谓的二维是在建模时候就设置为圆柱而不是球形?

是我想岔了
比如两个平板夹的接触角,可以简化模型
不过还是一样要三维的信息
除非按平均密度处理,直接取理想边界,可以少需要一维信息
密度一半的是另一种边界

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发表于 Post on 2020-4-4 04:32:34 | 只看该作者 Only view this author
借助densmap可以。取液滴的一个截面统计,把里面和体相密度0.5倍很接近的点的坐标提取出来,拟合成一个光滑曲面,然后就能计算夹角。
不过如果是我的话我不去用densmap,情愿花几分钟自己用VMD写个tcl脚本,处理起来方便。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-4 12:25:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-4 04:32
借助densmap可以。取液滴的一个截面统计,把里面和体相密度0.5倍很接近的点的坐标提取出来,拟合成一个光滑 ...

非常感谢,我试一下

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发表于 Post on 2023-10-31 15:30:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-4 04:32
借助densmap可以。取液滴的一个截面统计,把里面和体相密度0.5倍很接近的点的坐标提取出来,拟合成一个光滑 ...

请问老师,tcl如何实现这个功能,主要不懂的点在于tcl如何提取密度来计算界面位置的那,恳请老师说一下思路,万分感谢!

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发表于 Post on 2023-11-1 08:38:29 | 只看该作者 Only view this author
bxc 发表于 2023-10-31 15:30
请问老师,tcl如何实现这个功能,主要不懂的点在于tcl如何提取密度来计算界面位置的那,恳请老师说一下思 ...

计算接触角现在有现成的程序可以用:ContactAngleCalculator,比自己写程序省事多了
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00408
我没用过,有问题的话可以联系作者
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发表于 Post on 2023-11-1 10:40:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-1 08:38
计算接触角现在有现成的程序可以用:ContactAngleCalculator,比自己写程序省事多了
https://doi.org/10 ...

谢谢老师推荐,我重点不是关注接触角,问这个问题是抛砖引玉了,我还是想请老师简单说说,因为我正在学习tcl语言分析gmx结果,对于这个问题没有好的思路,不知道从何写起,想请老师讲解开阔一下编程思路,万分感谢

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发表于 Post on 2023-11-1 15:43:06 | 只看该作者 Only view this author
bxc 发表于 2023-11-1 10:40
谢谢老师推荐,我重点不是关注接触角,问这个问题是抛砖引玉了,我还是想请老师简单说说,因为我正在学习 ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)专门有一节超级详细全面讲授VMD tcl脚本的编写
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发表于 Post on 2024-2-29 15:58:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-1 08:38
计算接触角现在有现成的程序可以用:ContactAngleCalculator,比自己写程序省事多了
https://doi.org/10 ...

您好sob老师,我现在正在学习如何使用这个程序,但是这个程序要求输入dcd文件和psf文件,这两个文件在gromacs中不常用,我目前的想法是利用vmd去把xtc文件转换为dcd文件,另外利用我的蛋白质构型文件去在vmd的autoPSFbuilder去生成psf文件,但是在使用autoPSFbuilder过程中显示我缺少了一部分必要的文件。请问如何去补充这些必要文件呢? 报错信息我复制在下方:
Info) Analyzing structure ...
Info)    Atoms: 61936
Info)    Bonds: 59878
Info)    Angles: 0  Dihedrals: 0  Impropers: 0  Cross-terms: 0
Info)    Bondtypes: 1  Angletypes: 0  Dihedraltypes: 0  Impropertypes: 0
Info)    Residues: 4998
Info)    Waters: 0
Info)    Segments: 1
Info)    Fragments: 4998   Protein: 0   Nucleic: 0
Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_other.pdb for writing
ERROR) Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_other.pdb of type pdb for writing frames.
Autopsf: Updating structures
Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_ion.pdb for writing
ERROR) Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_ion.pdb of type pdb for writing frames.
Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_water.pdb for writing
ERROR) Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_water.pdb of type pdb for writing frames.
恳请sob老师指导!

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发表于 Post on 2024-2-29 23:36:10 | 只看该作者 Only view this author
herbrex 发表于 2024-2-29 15:58
您好sob老师,我现在正在学习如何使用这个程序,但是这个程序要求输入dcd文件和psf文件,这两个文件在gro ...

用parmED转成psf。用VMD把轨迹转成dcd


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