如何计算AIMD模拟中反应的能垒

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-16 19:31:30

通过AIMD跑出了一个反应过程，如何计算这个反应的能垒？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-17 00:41:17

拿PMF曲线的反应中途的最高点和反应物区域最低点求差

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-17 09:33:00

sobereva 发表于 2019-10-17 00:41
拿PMF曲线的反应中途的最高点和反应物区域最低点求差

谢谢老师的回复，请问PMF曲线如何获得呢，我是用cp2k跑的AIMD，PMF曲线可以通过cp2k得到吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-18 01:43:27

ZXW1993 发表于 2019-10-17 09:33
谢谢老师的回复，请问PMF曲线如何获得呢，我是用cp2k跑的AIMD，PMF曲线可以通过cp2k得到吗？

可以。google搜CP2K PMF

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-18 08:47:03

sobereva 发表于 2019-10-18 01:43
可以。google搜CP2K PMF

好的，谢谢老师的回复

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2019-10-18 23:35:57

本帖最后由 Daniel_Arndt 于 2019-10-20 08:45 编辑

操作起来最省心的办法当然是定义一个collective variable，然后做thermodynamic integration。cp2k的官网上有一个文件提到了这个办法 https://www.cp2k.org/_media/even ... nuzzi_fe_calc_b.pdf 。

还有个办法是metadynamics后用trace_irc（ www.acmm.nl/ensing/software/index.html#trace_irc ）。这个我不大熟悉，我只是在这篇文章 10.1021/acscatal.7b04072 看到有人用过。

ZXW1993 · 发表于 Post on 2019-10-19 08:38:50

Daniel_Arndt 发表于 2019-10-18 23:35
操作起来最省心的办法当然是定义一个collective variable，然后做thermodynamics integration。cp2k的官网 ...

好的，谢谢您的回复

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-9-8 21:02:48

sobereva 发表于 2019-10-17 00:41
拿PMF曲线的反应中途的最高点和反应物区域最低点求差

sob老师，那么如果用AIMD跑出来一个反应过程，如何计算该过程的反应速率常数呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-8 22:08:10

糖糖糖豆9988 发表于 2023-9-8 21:02
sob老师，那么如果用AIMD跑出来一个反应过程，如何计算该过程的反应速率常数呢？

把自由能垒代到过渡态理论公式里

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