计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1096|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] GB-OBC隐式溶剂下模拟DNA,NAMD输出文件里的能量不正常

[复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

225

eV
积分
242

Level 3 能力者

请教各位老师同学,我用CHARMM-GUI生成了隐式溶剂下模拟DNA的输入文件,采用的隐式溶剂模型是GB-OBC,在NAMD里模拟完成后发现,输出文件里的能量不正常(如图),尤其是ELECT能量,从-4000左右变为-99999999999,然后瞬间变为0,这是什么原因呢?

看了卢老师之前的博文,说“由于GB模型下的模拟并不抗衡离子,所以对于带电体系,不能表达抗衡粒子与它的相互作用,尤其是对于多价离子与带电荷较多的核酸间的作用。” 我的DNA体系带18个负电荷,所以能用GB模型模拟DNA吗?以及有隐式溶剂下模拟DNA的其他建议吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-9-14 18:05:52 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “隐式溶剂下模拟DNA” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

225

eV
积分
242

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-15 08:53:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-14 18:05
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师,我下次注意

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 02:13 , Processed in 0.169461 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list