求助：gromacs模拟蛋白与配体过程构建复合物gro文件后中VMD识别不了蛋白的二级结构

七堇阳 · 发表于 Post on 2023-9-11 15:32:18

本帖最后由七堇阳于 2023-9-13 14:47 编辑

求助各位大神，我在模拟蛋白-配体的时候，构建完蛋白和配体的gro文件后，将配体的gro文件加到了蛋白gro文件末尾，但是有的配体-蛋白体系在后续在VMD中的二级结构的显示正常（选择范围都是“protein”，“secondary Structure”），有的体系则识别不出来，想求教一下这个问题如何解决！（谢谢sob老师提醒，现在附上可以识别二级结构的复合物gro文件（complex_EPI.gro）和不能识别二级结构的复合物文件（complex_483.gro））

七堇阳 · 发表于 Post on 2023-9-11 15:45:11

这个二级结构可以在VMD中显示出来

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 19:31:48

七堇阳发表于 2023-9-11 15:45
这个二级结构可以在VMD中显示出来

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

拿具体结构文件说事

七堇阳 · 发表于 Post on 2023-9-13 09:05:33

sobereva 发表于 2023-9-12 19:31
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的！抱歉没注意这条规则，谢谢sob老师提醒，结构文件已经附上啦

pupukoNANA · 发表于 Post on 2023-9-13 10:11:50

你把两个 .gro 用文档的形式打开对比看看。。。你这是文件处理时候出的问题。。。

七堇阳 · 发表于 Post on 2023-9-13 14:51:25

pupukoNANA 发表于 2023-9-13 10:11
你把两个 .gro 用文档的形式打开对比看看。。。你这是文件处理时候出的问题。。。

对比过两个复合物文件了，都是在多肽的gro文件末尾加上配体本身的gro文件，就像图里一样

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-13 22:21:38

你的配体和蛋白质之间有不合理接触，程序以为蛋白质和配体成键了，所以蛋白质的二级结构也没法判断

七堇阳 · 发表于 Post on 2023-9-14 14:48:21

sobereva 发表于 2023-9-13 22:21
你的配体和蛋白质之间有不合理接触，程序以为蛋白质和配体成键了，所以蛋白质的二级结构也没法判断

请问sob老师，但是现在在Pymol上识别出来二级结构是没有问题的，有没有在VMD也可以显示的方案呢，更改成键判定？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-14 18:59:47

七堇阳发表于 2023-9-14 14:48
请问sob老师，但是现在在Pymol上识别出来二级结构是没有问题的，有没有在VMD也可以显示的方案呢，更改成 ...

显然合并的时候你把小分子挪得离蛋白远点就完了

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