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[GROMACS] 求助:MD模拟中周期性边界条件相关问题

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本帖最后由 藤井树 于 2023-9-13 20:43 编辑

各位老师好,我在MD模拟主客体体系完成后,由于盒子体系很小,我的客体分子(仅1个)势必会偏离盒子中心,靠近边界。但后续需要用到洋葱模型,在选定一对给受体之后,外围就不能保证其他主体分子对dimer的作用。

因此想请问,是否有利用周期性边界条件处理的方法,如在盒子另一边添加镜像盒子使用的例子文献?或是针对这一问题有什么更可靠的解决方法?还是只有扩大体系这一个解决方法呢?

考虑到实际情况可能是无定形薄膜,在此只是提出一个想法,希望各位老师批评指正!

202309132034251261..png (191.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

如图所示,对它进行平移处理

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发表于 Post on 2023-9-13 22:57:53 | 只看该作者 Only view this author
这不需要什么文献
直接用gmx genconf在分子露出的那一侧扩胞一倍就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-14 08:33:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 藤井树 于 2023-9-14 08:41 编辑
sobereva 发表于 2023-9-13 22:57
这不需要什么文献
直接用gmx genconf在分子露出的那一侧扩胞一倍就完了

谢谢sob老师的解答!
按我的理解,我认为直接扩胞就行,但是不知道这样做后续遭人质疑该怎么科学的解释,因此想找一些参考文献来佐证一下。
ps:比如提问,无定形薄膜也可以直接扩胞用吗?

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发表于 Post on 2023-9-14 18:58:06 | 只看该作者 Only view this author
藤井树 发表于 2023-9-14 08:33
谢谢sob老师的解答!
按我的理解,我认为直接扩胞就行,但是不知道这样做后续遭人质疑该怎么科学的解释 ...

扩胞本身没任何问题,只是建模层面的事而已
只不过如果你模拟无定型体系用的晶胞太小的话,这将会是槽点,因为这相当于人为强加了过于显著的短程周期性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-15 08:09:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-14 18:58
扩胞本身没任何问题,只是建模层面的事而已
只不过如果你模拟无定型体系用的晶胞太小的话,这将会是槽点 ...

明白了,谢谢sob老师点拨

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