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[Material Studio] 关于MS中设置联合原子分子力场的问题

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在MS中做吸附模拟的时候需要指定分子中每个原子的力场类型,但是用trappe力场模型的时候会把C-H联合考虑成一个原子,那么请问该怎么设置呢?C的力场参数设置成C-H后,H的原子类型选取成虚原子吗?求大佬指教

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发表于 Post on 2022-11-16 20:08:30 | 只看该作者 Only view this author
用联合原子力场描述的时候,不考虑的氢就彻底不存在,而不是用虚原子之类表示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-16 20:20:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-16 20:08
用联合原子力场描述的时候,不考虑的氢就彻底不存在,而不是用虚原子之类表示

可是用sorption计算的话,不给原子指定力场类型的话就无法计算了

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发表于 Post on 2022-11-17 01:49:34 | 只看该作者 Only view this author
13167129167 发表于 2022-11-16 20:20
可是用sorption计算的话,不给原子指定力场类型的话就无法计算了

联合原子模型下,非极性氢原子都没了,还指定什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 10:44:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 01:49
联合原子模型下,非极性氢原子都没了,还指定什么

所以疑惑的就是这一点,如甲苯中,联合原子模型是CH和CH3这样的力场类型,那么我给这两个C指定类型后,直接就删除掉H原子吗? 因为H原子的质量是包含在C原子中的了,所以H可以不要了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 10:49:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 01:49
联合原子模型下,非极性氢原子都没了,还指定什么

截图为网上找到lamps的建模中的一个例子,他就是说剩余的H原子删除掉,但是我总觉得删除掉之后岂不是空间位阻少了很多?

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发表于 Post on 2022-11-17 16:13:39 | 只看该作者 Only view this author
13167129167 发表于 2022-11-17 10:44
所以疑惑的就是这一点,如甲苯中,联合原子模型是CH和CH3这样的力场类型,那么我给这两个C指定类型后,直 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-17 16:14:09 | 只看该作者 Only view this author
13167129167 发表于 2022-11-17 10:49
截图为网上找到lamps的建模中的一个例子,他就是说剩余的H原子删除掉,但是我总觉得删除掉之后岂不是空间 ...

氢的半径本来就非常小,位阻靠恰当设置联合原子类型的C的LJ参数就能等效体现。即便是全原子力场,很多力场也刻意不给H设置LJ参数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 17:39:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 16:14
氢的半径本来就非常小,位阻靠恰当设置联合原子类型的C的LJ参数就能等效体现。即便是全原子力场,很多力 ...

好的,十分感谢

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发表于 Post on 2023-10-7 13:07:20 | 只看该作者 Only view this author
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截图为网上找到lamps的建模中的一个例子,他就是说剩余的H原子删除掉,但是我总觉得删除掉之后岂不是空间 ...

您好,请问下您这个lammps建模的教程可以发下我吗,联合力场的这个 谢谢了

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发表于 Post on 2023-10-7 13:47:22 | 只看该作者 Only view this author
bblovelp 发表于 2023-10-7 13:07
您好,请问下您这个lammps建模的教程可以发下我吗,联合力场的这个 谢谢了

https://blog.csdn.net/weixin_51982763/article/details/125662536

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发表于 Post on 2023-10-7 14:33:36 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2023-10-7 13:47
https://blog.csdn.net/weixin_51982763/article/details/125662536

收到,谢谢了

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