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[GROMACS] 求助:100 ns的磷脂层比1 ns的磷脂层更不合理稳定

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楼主
各位老师好,我用同样初始的磷脂双层结构的水盒子分别做了1 ns的NPT和1 ns的MD模拟(如图1),30 ns的NPT和100 ns的MD模拟(如图2)(步长均为1 fs,除了步数不同,其它参数全部相同),发现100 ns的跑完之后整体呈现一致的倾斜状态,相互之间没有形成均匀穿插,看起来的效果还不如1 ns的好,请问这是正常的吗?可能是什么原因呢?

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发表于 Post on 2023-9-18 10:35:15 | 只看该作者 Only view this author
根本没图
仔细看置顶的社员必读贴弄清楚怎么贴图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 10:48:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 10:35
根本没图
仔细看置顶的社员必读贴弄清楚怎么贴图

不好意思,非常抱歉,下次一定注意,我把附图放在下面了,麻烦老师帮助解答一下




        100 ns          1 ns


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发表于 Post on 2023-9-18 11:02:04 | 只看该作者 Only view this author
不要用“1 ns的NPT和1 ns的MD模拟”这种奇怪的描述
NPT本来就是MD模拟用的系综
当前的写法逻辑上明显就是错误的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 11:13:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 11:02
不要用“1 ns的NPT和1 ns的MD模拟”这种奇怪的描述
NPT本来就是MD模拟用的系综
当前的写法逻辑上明显就是 ...

好的,谢谢老师,以后改正。如果单从这两张图来看,这两个结果的差异是正常的吗?还是说有什么问题呢?刚刚入门,不太了解如何判断,麻烦老师了

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发表于 Post on 2023-9-18 11:26:09 | 只看该作者 Only view this author
如果嫌有序过头了,大概率模拟参数/条件、力场有问题,都结晶了
上传图片别就传那么一丁点大的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-18 11:50:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 11:26
如果嫌有序过头了,大概率模拟参数/条件、力场有问题,都结晶了
上传图片别就传那么一丁点大的

好的,谢谢老师回答,下次注意

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