求助用multiwfn+vmd画分子轨道电子密度

gongx · 发表于 Post on 2020-3-2 22:32:42

针对某个分子轨道，譬如H2O分子的HOMO轨道，如果想看HOMO轨道电子密度图，即波函数平方，该怎么操作？
## sob的这篇文章讲解了如何画分子轨道
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频） http://sobereva.com/447

## 查到的等值面图，没有讲如何设置某一个轨道，不能很好地解决问题：
基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法
http://sobereva.com/402

## 其次，multiwfn manual 381页，‘4.5.1 Electron localization function of chlorine trifluoride’ 并没有讲解如何选取轨道，请教sob及各位前辈，如何能想存储轨道波函数一样，存储轨道电子密度？

谢谢

snljty · 发表于 Post on 2020-3-2 23:31:53

想出一个办法，用主功能6的修改波函数功能，把要研究的轨道之外的占据数都设成0，然后用修改后的波函数计算电子密度格点，导出然后作图。写脚本生成一批输入文件，再写脚本用重定向输入批量生成一批轨道的电子密度分布，应该是可行的。还没想到更方便的方法。

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-3 10:32:17

1 进入Multiwfn主功能6的子功能26，把所有轨道占据数先清零，然后把HOMO轨道的占据数设成原本的值。之后照常绘制电子密度。
下文估计有对你有用的知识
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432（http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html）

2 看不懂你的问题。你的问题和这个博文也没有什么直接关系。“设置某一个轨道”指代不明

3 计算ELF干嘛要选取轨道？你只想考察特定轨道对应的ELF？
“存储轨道电子密度”语义不明，怎么做完全取决于你想怎么储存。诸如以cube文件方式储存，显然用主功能5计算格点数据之后选择导出cube文件就完了。

gongx · 发表于 Post on 2020-3-3 15:58:10

snljty 发表于 2020-3-2 23:31
想出一个办法，用主功能6的修改波函数功能，把要研究的轨道之外的占据数都设成0，然后用修改后的波函数计算 ...

多谢多谢

gongx · 发表于 Post on 2020-3-3 16:03:45

sobereva 发表于 2020-3-3 10:32
1 进入Multiwfn主功能6的子功能26，把所有轨道占据数先清零，然后把HOMO轨道的占据数设成原本的值。之后照 ...

谢谢！问题没写清楚，三组##是我在网上找的对问题有帮助的例子，但都没有直接地解决办法，不属于问题本身。

gongx · 发表于 Post on 2020-3-3 16:50:08

sobereva 发表于 2020-3-3 10:32
1 进入Multiwfn主功能6的子功能26，把所有轨道占据数先清零，然后把HOMO轨道的占据数设成原本的值。之后照 ...

方法总结了一下，可行成功，
6  //修改波函数
26  //修改某些轨道的占据数
0  //选择所有轨道
0  //把所选轨道占据数设为0
10  //HOMO编号
2  //占据数设为2.0，即恢复这些pi轨道原先的占据数
q  //退回上一级菜单
-1  //退回到主功能菜单
5  //计算格点数据
1  //electron density
3  //高等质量格点
2  // export data into cube files,'density.cub'

唯一存在的遗憾是，存出来的cub文件，默认命名为‘density.cub’  。不知道是否可以修改文件名为orb000010.cub？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-5 03:17:36

gongx 发表于 2020-3-3 16:50
方法总结了一下，可行成功，
6 //修改波函数
26 //修改某些轨道的占据数

自己改名即可
如果是用的脚本批量执行，插入一行语句用mv命令自动改名即可

Screams · 发表于 Post on 2023-1-3 17:17:36

本帖最后由 Screams 于 2023-1-3 17:30 编辑

sobereva 发表于 2020-3-3 10:32
1 进入Multiwfn主功能6的子功能26，把所有轨道占据数先清零，然后把HOMO轨道的占据数设成原本的值。之后照 ...

如果想画LUMO轨道的电子密度该怎么设置呢？我的想法是先把LUMO轨道波函数的信息和HOMO交换，然后重复一遍画HOMO电子密度的步骤。另外，我的目的是画LUMO电子密度的平面等高线图。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-3 17:29:33

Screams 发表于 2023-1-3 17:17
如果想画LUMO轨道的电子密度该怎么设置呢？我的想法是先把LUMO轨道波函数的信息和HOMO交换，然后重复一遍 ...

把LUMO的占据数设为已占据的情况，其它的占据数清零，其它同前

Screams · 发表于 Post on 2023-1-5 14:20:06

sobereva 发表于 2023-1-3 17:29
把LUMO的占据数设为已占据的情况，其它的占据数清零，其它同前

想问下老师，Multiwfn能直接算分子轨道的动量密度吗？还是需要别的手段？

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-7 01:58:03

Screams 发表于 2023-1-5 14:20
想问下老师，Multiwfn能直接算分子轨道的动量密度吗？还是需要别的手段？

Multiwfn手册里搜momentum density，看看是不是你要的。如果不是那就不能

lycheeho · 发表于 Post on 2023-9-20 15:08:03

gongx 发表于 2020-3-3 16:50
方法总结了一下，可行成功，
6 //修改波函数
26 //修改某些轨道的占据数

你好，我用同样的方法对于alpha轨道导出的.cube文件就可以用vesta正常观看，而beta轨道导出的.cube文件就没有电子密度，看轨道占据数也是对的，不知道是什么原因？

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