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[建模与可视化] Snapshots of BOMD simulation绘图求助

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楼主
各位高手,我遇到文献中的这种图(图中好像是动图,在特定时间截图),也很想绘制出来,请问可以用什么软件绘制出来?谢谢大家





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发表于 Post on 2023-9-24 04:21:15 | 只看该作者 Only view this author
VMD是观看轨迹最常用的程序,诸如下文就用VMD看了ORCA跑BOMD的轨迹
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html

如果你用Gaussian跑的BOMD,可以直接用GaussView看轨迹,也可以用下文的方法转成xyz轨迹然后用VMD看
GauMD2xyz:将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序
http://sobereva.com/126

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-24 12:25:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-24 04:21
VMD是观看轨迹最常用的程序,诸如下文就用VMD看了ORCA跑BOMD的轨迹
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例 ...

可以的,多谢老师。还有一个问题,要用cp2k跑BOMD,也是可以转成xyz轨迹然后用VMD看吗吗

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发表于 Post on 2023-9-24 12:39:47 | 只看该作者 Only view this author
liuhe 发表于 2023-9-24 12:25
可以的,多谢老师。还有一个问题,要用cp2k跑BOMD,也是可以转成xyz轨迹然后用VMD看吗吗

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-24 20:53:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-24 12:39
参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)的ppt:

...

谢谢社长,试出来了

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