如何将正在进行中的模拟提前结束或者修改步数？

Barry624 · 发表于 Post on 2019-10-14 17:46:36

由于时间关系，3天之内需要结束一段模拟，但预估会跑6天，请问如何在不影响前面模拟的情况下，将正在进行的模拟提前结束或者修改步数？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-10-14 19:52:41

把作业杀了不就行了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-15 01:32:38

直接杀了，不影响对之前跑完的结果的分析。而且之后想续跑跑完整借助cpt文件即可

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-15 08:02:12

gromacs的好处就在这里，可以分段随时查看进度

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-10-15 17:40:15

還可以直接續在原文件後面不像垃圾amber

Hailu · 发表于 Post on 2023-9-25 10:26:07

sobereva 发表于 2019-10-15 01:32
直接杀了，不影响对之前跑完的结果的分析。而且之后想续跑跑完整借助cpt文件即可

老师你好，想问一下，如果提前把进程杀掉的话，gromacs是不会输出md.gro文件的。那我怎么用VMD去看轨迹呀？VMD需要先输入gro文件的呀。我之前试过用npt产生的gro文件去和md轨迹一起输入VMD看轨迹，但是很奇怪的是第一帧和后面轨迹的帧似乎不在一个位置。

Hailu · 发表于 Post on 2023-9-25 10:27:21

sobereva 发表于 2019-10-15 01:32
直接杀了，不影响对之前跑完的结果的分析。而且之后想续跑跑完整借助cpt文件即可

还有就是，我看老师你曾经说过，可以通过cpt文件直接看MD运行过程中的最后一帧，我不知道怎么操作

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-25 10:53:47

Hailu 发表于 2023-9-25 10:26
老师你好，想问一下，如果提前把进程杀掉的话，gromacs是不会输出md.gro文件的。那我怎么用VMD去看轨迹呀 ...

载入的结构文件只要原子顺序和轨迹文件对应就行，显然不需要非得用任务结束时产生的gro文件
而且结构文件里原本那一帧通常在载入轨迹前要删掉

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-25 10:54:43

Hailu 发表于 2023-9-25 10:27
还有就是，我看老师你曾经说过，可以通过cpt文件直接看MD运行过程中的最后一帧，我不知道怎么操作

gmx 2020开始加入的convert-trj命令可以把cpt转成gro

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