求助：在oniom环境下，分别用半经验方法和uff力场作为低层，能量相差30kcal/mol？

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-9-26 08:22:07

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2023-9-26 08:33 编辑

各位老师好，文章中在ONIOM(UB3LYP:UFF)/def2TZVP,SMDDichloromethane//ONIOM(UB3LYP:UFF)/6-31G*-LANL2DZ计算方法下，算得的R与S之间的ΔG=1.7 kcal/mol.
我后面在ONIOM(UB3LYP:PM6D3)/def2TZVP,SMDDichloromethane//ONIOM(UB3LYP:UFF)/6-31G*-LANL2DZ计算方法下，根据谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，算得的R与S之间的ΔG > 30 kcal/mol. 感觉相差太大了. 我就是用文章中gibbs值+SCF Done: E(UPM6D3) = -2.14518913469 a.u. after 38 cycles，不知道这样计算是否正确，gibbs（R）=1.446316，gibbs（S）=1.446279

Rotation gradient small -- convergence achieved.
SCF Done: E(UPM6D3) 为什么在out文件中会出现两次以上字段？我看了读取电子能量的帖子，具体还是不太清楚该怎么去读取用半经验方法算的能量

下面是我对应的com文件和out文件，请各位老师指导！

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-26 08:50:42

ONIOM必须读extrapolated energy，显然当前不能读PM6的能量，要对ONIOM的计算原理有基本的了解
不要用什么“gibbs值” 这种莫名其妙的描述，描述问题要有基本的严谨性

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-9-26 15:08:14

sobereva 发表于 2023-9-26 08:50
ONIOM必须读extrapolated energy，显然当前不能读PM6的能量，要对ONIOM的计算原理有基本的了解
不要用什么 ...

好的，谢谢sobereva老师的指正！
老师，我根据您说的，我重新统计了ΔG，发现能量差还是很大，原文中用uff力场算低层，ΔG=1.7 kcal/mol。用PM6D3算低层，ΔG=-31.2 kcal/mol。这个感觉很不合理，怎么变化这么大？用E值+对应gibbs校正值所得

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-26 15:29:14

检查一下是不是两个计算收敛到了不同的波函数

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-9-26 16:36:46

wzkchem5 发表于 2023-9-26 15:29
检查一下是不是两个计算收敛到了不同的波函数

老师，这个怎么看呢，是检查波函数稳不稳定吗还是什么

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-26 16:41:37

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-9-26 09:36
老师，这个怎么看呢，是检查波函数稳不稳定吗还是什么

看两个计算的自旋布居是否近似一致。更加保险的做法是不仅看自旋布居，也看自旋密度图

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-27 04:09:45

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-9-26 15:08
好的，谢谢sobereva老师的指正！
老师，我根据您说的，我重新统计了ΔG，发现能量差还是很大，原文中用u ...

先别管自由能的事，就看看电子能量算的能垒差多少

另外，你这个体系也没多大，都没到200个原子，何必折腾ONIOM，直接DFT完全算得动，尤其是可以给不重要部分用小点的基组，根本没多高的耗时，比起折腾ONIOM强多了。现如今的计算条件下300以上原子才可能有用ONIOM的实际意义。

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-9-30 14:53:02

sobereva 发表于 2023-9-27 04:09
先别管自由能的事，就看看电子能量算的能垒差多少

另外，你这个体系也没多大，都没到200个原子，何必 ...

sobereva老师，我用oniom(B3LYP/def2TZVP em=gd3:PM7)和oniom(UB3LYP:PM6D3)/def2TZVP，算出了电子能量一样，是因为方法基组写的不对吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-30 15:54:50

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-9-30 07:53
sobereva老师，我用oniom(B3LYP/def2TZVP em=gd3:PM7)和oniom(UB3LYP:PM6D3)/def2TZVP，算出了电子能量一 ...

你的能量是从哪读的

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-9-30 21:19:22

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2023-9-30 21:27 编辑

wzkchem5 发表于 2023-9-30 15:54
你的能量是从哪读的

搜索extrapolated energy关键词，我将R的结构，分别用oniom(B3LYP/def2TZVP:PM6D3)和oniom(B3LYP/def2TZVP em=gd3:PM6D3)的方法算了一下单点，得出的extrapolated energy 都等于-3104.795287666336。不知道是哪里有问题，导致能量一样。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-1 06:44:02

哇卡卡卡卡卡发表于 2023-9-30 14:53
sobereva老师，我用oniom(B3LYP/def2TZVP em=gd3:PM7)和oniom(UB3LYP:PM6D3)/def2TZVP，算出了电子能量一 ...

前面说过，这么小的体系，相对于你花好多天来回折腾ONIOM，直接用混合基组跑早跑完了。像样的机子上恰当用混合基组节约时间，一天内足够跑出来结果，结果还比你用ONIOM更准确。我认为没什么意义的问题就不回答了。

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2023-10-1 20:36:17

sobereva 发表于 2023-10-1 06:44
前面说过，这么小的体系，相对于你花好多天来回折腾ONIOM，直接用混合基组跑早跑完了。像样的机子上恰当 ...

谢谢sobereva老师，我算一下看看

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