Gaussian 运行错误 l1.exe omode 33261 compare 7

astrozheng

在用Gassian 09 计算一个分子的时候，出现了错误，以前从见过的错误。

求高手们参考参考。不胜感激！

系统的错误信息如下：
--------------------------------------------- System error information ---------------------------------------------------------------
Problem with file /home/software/gaussian/g09/l1.exe omode 33261 compare 7.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000000203, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000002767, rsp 00007fffb1aec208, rbp 00007fffb1af2f75
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000002767, r8  00002b18c422b160
   r9  0000000000000000, r10 00007fffb1aebf90, r11 0000000000000202
   r12 00007fffb1af2f90, r13 00007fffb1af2690, r14 00007fffb1af2f90
   r15 00007fffb1af0380
  --- traceback not available

-------------------------------------------- System error information ----------------------------------------------------------------


然后gaussian的输出文件如下：
-------------------------------------- Gaussian output error information --------------------------------------
Entering Gaussian System, Link 0=/home/software/gaussian/g09/g09
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.

-------------------------------------- Gaussian output error information --------------------------------------

初始的gaussian输入文件如下：
-------------------------------------- Gaussian input file --------------------------------------
%NProcShared=32
%Chk=checkpoint.chk
#P AM1/STO-3G pop=chelpg scf=(direct)

L0617 Gaussian AM1

-10 1
O
H   1 B1
C   1 B2 2 A2
H   3 B3 1 A3 2 D3
***

*** （下面的内容省略了）
-------------------------------------- Gaussian input file --------------------------------------

任务提交的脚本如下：
-------------------------------------- job submitting script  --------------------------------------
#!/bin/bash
#$ -pe mpi 32            #no. of processors going to using, can assign up to 128
#$ -N  LAM1             #job name
#$ -cwd                  #change to working directory
#$ -e output2.err        #specify file name for standard error
#$ -o output2.out        #specify file name for standard output

# setting up Guassian environment
export g09root=/home/software/gaussian

# $HOME/tmp folder already been changed by chmod -R 777 $HOME/tmp
export GAUSS_SCRDIR=$HOME/tmp
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

export MACHINEFILE=$TMPDIR/machines

filename=myjob

$g09root/g09/g09 < ${filename}.com > ${filename}.out

-------------------------------------- job submitting script  --------------------------------------

冰释之川

Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.



把高斯所在目录改成750 即：
chmod -R 750 g09

astrozheng

冰释之川 发表于 2016-6-18 12:05
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.

你好，谢谢你的建议。

因为我不是系统管理员，我没有权限去改这个目录，所以不能立刻试试看。我之前也认为是文件的权限问题。

在/home/software/gaussian 下面的 ./g09的权限如下：
drwxr-xr-x 7 root root      8192 May 27 01:33 g09

./g09/g09这个可执行文件的权限如下：
-rwxr-xr-x 1 root root   585400 May 27 01:15 g09

似乎来说g09的目录都是全部可以进入的，g09的可执行文件也是全部user都可以执行的。在这样的情况下，
chmod -R 750 ./g09
可以解决遇到的错误么？

非常感谢！

冰释之川

astrozheng 发表于 2016-6-18 12:16
你好，谢谢你的建议。

因为我不是系统管理员，我没有权限去改这个目录，所以不能立刻试试看。我之前也 ...

可以你没权限的话，找管理员改成750即可

sobereva

另外，你的关键词完全不合理
#P AM1/STO-3G pop=chelpg scf=(direct)
AM1是半经验方法，自身就定义了基组，不要再定义基组。
SCF=direct毫无意义，高斯会自动判断最合用的SCF方式。

astrozheng

sobereva 发表于 2016-6-18 12:47
另外，你的关键词完全不合理
#P AM1/STO-3G pop=chelpg scf=(direct)
AM1是半经验方法，自身就定义了基组 ...

嗯，sob老师说的对。非常感谢！

我对这个SCF没有怎么搞清楚。

后来我改成了 #P AM1 Opt=(MaxCycle=500) POP=chelpg
只是粗略地用CHelpG scheme算下每个原子的电荷，因为体型非常大（450 atoms），所以用的是AM1半经验的方法。 修改之后应该没有大问题了吧？

astrozheng

冰释之川 发表于 2016-6-18 12:34
可以你没权限的话，找管理员改成750即可

嗯嗯，应该是文件权限的问题。

我直接把系统目录里面的Gaussian09 打包之后复制到自己的目录下解压缩之后，直接用自己目录下的g09j运行就不存在那个错误了。

谢谢！

sobereva

astrozheng 发表于 2016-6-18 14:00
嗯，sob老师说的对。非常感谢！

我对这个SCF没有怎么搞清楚。

没问题

astrozheng

此外，我还问到了这个问题的详细解释。复制如下：

Martin Novak：
my wild guess is that you are permitting all the users to use Gaussian executables. According to the previous version of Gaussian:

"Making the Gaussian 03 directories world accessible (i.e. by all users) is a security problem, is prohibited by the license, and the program will now refuse to run if there is world access."

http://www.gaussian.com/g_misc/g03/g03_rel.htm

So you probably need to take care of the users/groups who can access the G09 executables - possibly by definition of new group. Maybe simply removing the executable permission to Others may be enough.

How to solve Gaussian09 Error (l1.exe omode 33261 compare 7) ? - ResearchGate. Available from: https://www.researchgate.net/pos ... e683d7f4b7e730ca42e [accessed Jun 20, 2016].

qyyos

记录一下，遇到了同样问题，改成750还是提示权限不够，改成770可以提交作业了

594yy

碰到同样的问题，改成750可以正常运行了，记录一下。

BoyuanZhang

遇见了同样问题，已解决，厉害

daniel526

同样的问题，已解决。多谢了
不过我发现用770的权限不行，只能用750才不出错。