分子力场描述构象变化的过渡态

xujian · 发表于 Post on 2016-9-5 11:30:08

请问各位老师，我在sob老师的blog中看到说可以结合分子力场描述构象变化的过渡态，我想知道具体应该如何操作，应该用何种软件。

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-5 16:35:16

如果要用MD做的话，需要选择一个能表征构象变化的反应坐标(reaction coordinate model），比如某个角度或者二面角。然后使用这个反应坐标做自由能计算(potential of the mean force calculation/importance sampling），得到沿反应坐标的自由能曲线，其中曲线的最高点就是过渡态。

xujian · 发表于 Post on 2016-9-5 18:23:47

fhh2626 发表于 2016-9-5 16:35
如果要用MD做的话，需要选择一个能表征构象变化的反应坐标(reaction coordinate model），比如某个角度或者 ...

谢谢！请问用高斯可以完成吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-6 00:17:18

xujian 发表于 2016-9-5 18:23
谢谢！请问用高斯可以完成吗？

Gaussian虽然支持UFF等分子力场，但不支持用力场找过渡态。
用力场找过渡态可以用比如Amber里的NEB方法。
而2L说的相当于在自由能面上找过渡态，虽然比在势能面上找过渡态更严格（严格的过渡态是自由能面上的一阶鞍点），但实际计算起来很麻烦很耗时。

xujian · 发表于 Post on 2016-9-6 09:20:54

sobereva 发表于 2016-9-6 00:17
Gaussian虽然支持UFF等分子力场，但不支持用力场找过渡态。
用力场找过渡态可以用比如Amber里的NEB方 ...

谢谢老师，我看到一篇文献，用Born-Oppenheimer molecular dynamics 模拟一个分子（基态）中键长和键角的动力学稳定性，文献“We performed Born−Oppenheimer molecular dynamics (BOMD) simulations of ONCNO 01 at 300 K, 5000 steps at the B3LYP/6-31G(d) level.” 请问这个是用高斯完成的吗？如果是，应该如何操作啊，不知sob老师知道吗，麻烦您了！

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-7 05:38:11

xujian 发表于 2016-9-6 09:20
谢谢老师，我看到一篇文献，用Born-Oppenheimer molecular dynamics 模拟一个分子（基态）中键长和键角的 ...

就用BOMD关键词就完了。
几句话说不清楚，看看手册试试就懂了。

xujian · 发表于 Post on 2016-9-7 11:01:38

sobereva 发表于 2016-9-7 05:38
就用BOMD关键词就完了。
几句话说不清楚，看看手册试试就懂了。

谢谢sob老师，假如我要算5000步，共100ps，关键词是不是应该输NTraj=5000，StepSize=200呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-7 12:41:34

xujian 发表于 2016-9-7 11:01
谢谢sob老师，假如我要算5000步，共100ps，关键词是不是应该输NTraj=5000，StepSize=200呢？

否。
NTraj指定的是跑多少个轨迹，而不是多少步。步数是MaxPoints

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