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[Amber] 求助:amber优化体系时,运行density.in这一步的作用是什么?

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你好,

我是一个amber的初学者,很多方面不太懂。

我在用amber模拟一个膜蛋白-小分子-POPC的复合物体系。在网上找了一个模拟水溶液蛋白的帖子,里面给出的优化步骤有density一步。

但是我不太理解这一步的作用是什么?不知道用于我的体系是否合理?

density.in文件内容如下。

202310151107075229..png (58.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

202310151107075229..png

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