请教计算轨迹中水分子流量的方法

aw10279 · 发表于 Post on 2023-10-13 11:28:17

我的研究想通过对通道残基的突变来增加水进入活性位点的数量，所以想对整个模拟轨迹统计水分子进出通道的数量。想知道gromacs中有没有可以直接统计的方法（自己找了半天也没找到合适的），或者哪些第三方工具也可以实现这个功能，希望得到各位大佬的建议，非常感谢！

lyj714 · 发表于 Post on 2023-10-13 12:12:17

gmx没有这类工具。我没见过其他程序可直接分析，应该需要自己根据原理写相关程序。

aw10279 · 发表于 Post on 2023-10-19 09:03:07

lyj714 发表于 2023-10-13 12:12
gmx没有这类工具。我没见过其他程序可直接分析，应该需要自己根据原理写相关程序。

明白了，非常感谢！

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[GROMACS] 请教计算轨迹中水分子流量的方法