为什么算出来的rdf不是光滑的曲线，感觉像一根一根的线？

邱美佳 · 发表于 Post on 2020-10-10 12:20:37

我的体系中含有5片石墨片，一些锂离子（黄色的球）和一些有机小分子，我想统计石墨片周围的锂离子的rdf，为什么算出来的rdf感觉特别丑，不是很光滑的曲线？我选择的是所有石墨片的所有原子来统计的。

diaok · 发表于 Post on 2020-10-10 12:26:16

rdf默认的bin太小，统计就只有个别点的数据
-bin 0.01试试

邱美佳 · 发表于 Post on 2020-10-10 12:54:57

diaok 发表于 2020-10-10 12:26
rdf默认的bin太小，统计就只有个别点的数据
-bin 0.01试试

加了-bin 0.01之后还是一些竖线。不是那种只有一条连续的曲线

jimulation · 发表于 Post on 2020-10-10 13:45:20

邱美佳发表于 2020-10-10 12:54
加了-bin 0.01之后还是一些竖线。不是那种只有一条连续的曲线

取样点太少会导致不平滑，尝试更长轨迹或者保存更多帧试试

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-10 21:27:13

对于较大分子，统计这种rdf没什么意义，还不如绘制在石墨烯附近Li的空间分布函数等值面

ChunLinX · 发表于 Post on 2020-10-11 21:00:41

可以试试多取几个snapshots，如每10ps取一次样

k64_cc · 发表于 Post on 2020-10-12 09:10:25

考虑数据太少、体系太小、bin太窄、受键长等固定距离影响太大等问题。

RDF本身没啥用，先想想拿了这个数据要干嘛再说。

闪闪金星 · 发表于 Post on 2021-4-21 17:18:43

sobereva 发表于 2020-10-10 21:27
对于较大分子，统计这种rdf没什么意义，还不如绘制在石墨烯附近Li的空间分布函数等值面

老师您好，我想问一下我用gromacs计算一个6个氨基酸的多肽在脂质环境中的RDF，绿色是表面活性剂。请问为什么同样的方法步骤，橙色的线噪点相对较小较为平滑，而绿色的线波动很大？
这是体系的关系还是可以通过增加命令选项得以解决？
谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-21 17:58:57

闪闪金星发表于 2021-4-21 17:18
老师您好，我想问一下我用gromacs计算一个6个氨基酸的多肽在脂质环境中的RDF，绿色是表面活性剂。请问为 ...

我不清楚你设的参考组和被计算的组是什么
如果被计算的组粒子数较少，采样不足导致不平滑很正常。可以把统计间隔设大点，或者轨迹跑长点

闪闪金星 · 发表于 Post on 2021-4-21 19:56:43

sobereva 发表于 2021-4-21 17:58
我不清楚你设的参考组和被计算的组是什么
如果被计算的组粒子数较少，采样不足导致不平滑很正常。可以把 ...

谢谢老师，
参考组和被计算诅都是分子中的一个原子，确实可能由于绿色被计算组粒子数较少。

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-3-7 20:50:07

sobereva 发表于 2020-10-10 21:27
对于较大分子，统计这种rdf没什么意义，还不如绘制在石墨烯附近Li的空间分布函数等值面

空间分布函数等值面，请问老师这个怎么画？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-8 05:13:41

七尺贱发表于 2024-3-7 20:50
空间分布函数等值面，请问老师这个怎么画？

gmx spatial或VMD的volmap产生空间分布函数的cub文件，在VMD画成等值面

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里专门有一节“用aNCI与空间分布函数方法分析分子间相互作用” 详细讲了

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-3-8 18:37:17

sobereva 发表于 2024-3-8 05:13
gmx spatial或VMD的volmap产生空间分布函数的cub文件，在VMD画成等值面

北京科音分子动力学与GROMACS ...

谢谢老师

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