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我现在在做一个蛋白模拟的体系，它是由一个蛋白和若干水分子还有平衡电荷的NA和CL离子组成。蛋白的电荷是分开写的，主链部分是根据残基库里的电荷添加的，侧链部分是利用gaussian生成的，蛋白的拓扑是我在gromos力场中添加了rtp然后用gmx pdb2gmx生成的，缺失的键长键角二面角参数是我用antechamber一系列操作生成prmtop手动添加的。目前遇到的问题是能量最小化过程能进行，然后固定主链原子跑NVT也能正常跑，但是和posre里的力常数有关，如果力常数变小，他就会报错，显示段错误（核心已转储）。由于我需要对蛋白进行一个拉伸，后面放开它的约束，在NPT系综下模拟，所以后续的posre力常数需要为0。但是目前无法解决NVT阶段不用力常数约束就不能模拟的问题，还请各位老师伸出援助之手！附件是我的相关模拟文件~
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cl.pdb
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duotai10gmx_end.pdb
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h2o.pdb
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na.pdb
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pack.in
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em.top
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nvt.top
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em.mdp
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posre-nvt.itp
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posre-em.itp
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nvt.mdp
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new.ndx
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发表于 Post on 2024-4-23 14:19:44
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