求助：蛋白质生成top文件未报错，但是top文件中没有原子信息

zhaopeizhang · 发表于 Post on 2023-10-25 12:35:36

使用 pdb2gmx -f protein1.pdb -o protein1_processed.bro -ignh指令后，gromacs并未报错，但是蛋白质生成的top文件中没有[ATOM]项，从RCSB中下载这个蛋白质其他序号的pdb文件也是出现这样的情况；请问各位老师这个是什么原因啊

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-10-25 19:29:01

如果有很多条链，gromacs会分别写入不同itp文件，然后在top文件中用#include引入这些itp文件，top里面没有直接写这些信息是正常的

zhaopeizhang · 发表于 Post on 2023-10-26 00:14:26

好的，谢谢老师！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：蛋白质生成top文件未报错，但是top文件中没有原子信息