关于MM-GBSA的几个疑问，请教各位老师

ChaosChiao · 发表于 Post on 2019-12-17 10:02:16

在算MM-GBSA的时候，很多时候都对结果有些疑惑。

1.明明小分子的Hbond很重要，但总体结果却不太符合。比如一个经常性的结果是，Eele值为-40，Egb值为50，这样整体性的polar相互作用反而是不利于结合的。整体来看，依旧是van der Waal和Esurf的nonpolar能量提供了主要的结合自由能来源。为什么大部分分子都不是极性作用占据主导？

2.承接上一个问题，为什么Eele与Egb值总伴随上升？比如Eele为-20，那么Egb基本就是10-30，Eele为-80，那么Egb就是70-100，如果是蛋白-蛋白或者DNA-蛋白体系，Eele可能是-500，但Egb也会有600，似乎有多少静电作用，就有多少的极性溶剂化能量来中和？这其中的道理是什么？

3. 熵的差异来源主要是什么？比如一个分子算出来-TS是20，一个算出来是14，那么这主要能说明什么？我看到原理中提到MM-GBSA中熵的算法叫做构象熵，那么这个结果是说明两个分子的刚性差异吗？是什么因素在影响熵变？

看了一些文献以及综述，都没有提到过上述问题，也可能是我的热力学基础比较薄弱，没有完全理解文献的意思。期望各位老师能够解惑。

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-17 12:23:47

MMPBSA算过没？

很多文章表明在MMPBSA或MMGBSA中考虑熵并不能明显改善结合自由能的据预测，反倒是由于数值求解精度问题，再加上误差抵消问题，有时结果更差，再加上本身计算又特别耗时，因此大多都不考虑熵。
对每一帧进行振动分析方式得到的-T*S对应的是振动熵。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2019-12-17 14:01:49

sobereva 发表于 2019-12-17 12:23
MMPBSA算过没？

很多文章表明在MMPBSA或MMGBSA中考虑熵并不能明显改善结合自由能的据预测，反倒是由于数 ...

sob老师，确实看到过很多这方面的报道，而且amber手册也提出不需要算熵。然而实际上文章投稿过程中如果不算熵，10个审稿人里有8个都让加上熵。这个没办法啊。另外关于极性溶剂化自由能这方面，它跟静电相互作用之间到底是怎么样的关系呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-19 18:10:50

ChaosChiao 发表于 2019-12-17 14:01
sob老师，确实看到过很多这方面的报道，而且amber手册也提出不需要算熵。然而实际上文章投稿过程中如果不 ...

你就引用相关的文献向审稿人证明算熵费力不讨好就完了
片段间静电相互作用照常计算，只不过溶剂与溶质之间有溶解自由能，其中占大头的是极性（静电）部分。结合过程中的溶解自由能的变化会显著影响结合能力（即总自由能的变化）

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2024-6-13 23:05:53

楼主您好，我最近也碰到了要求加熵的审稿人，能否分享一些进行了计算熵会引入更大的误差的说明文章？万分感谢

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