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[GROMACS] 求助:锂离子电池溶剂化结构的原子电荷选择问题

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各位老师好,我最近使用Gromacs计算锂离子电池溶剂化结构,本来使用的是卢天老师给的./RESP_ORCA.sh DME.pdb 0 1 ethanol计算体系中每个成分的RESP电荷,最后的快照如图下一所示。但是我想到电荷应该使用具体体系的溶剂参数,我就利用Gaussian和Multiwfn按照实际溶剂的介电常数参数重新计算了 RESP电荷。最后得到快照的如图二,这两个相差这么多,我应该使用哪个啊?

1.png (155.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

图1

图1

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发表于 Post on 2023-10-5 11:41:44 | 只看该作者 Only view this author
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-5 13:25:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://so ...

收到,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-6 18:32:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://so ...

老师您好,我用您给的方法计算RESP2电荷,但是相同环境的原子确不相同,这个应该怎么解决啊

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发表于 Post on 2023-10-10 21:27:07 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-10-6 18:32
老师您好,我用您给的方法计算RESP2电荷,但是相同环境的原子确不相同,这个应该怎么解决啊

把具体结构图贴出来,标注清楚你指的是哪些原子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-11 09:34:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjw 于 2023-10-11 09:35 编辑
sobereva 发表于 2023-10-10 21:27
把具体结构图贴出来,标注清楚你指的是哪些原子

谢谢老师回复,那个已经解决了。还有一个问题希望的到您的解答
我在使用Gromacs做模拟计算时,体系是液体,溶剂沸点在25℃左右,我使用了退火过程,温度从0-2ns升到600K,然后在600K保持4ns,最后在2ns过程降温到300K进行模拟,退火命令如下图一,最后得到的快照如下图二(快照中的球棍模型是距锂离子3A的分子)。
但是如果我在每2ns升高100K的温度,过程如下图三,会得到图四的快照。
就感觉第一个过程球棍模型都聚集在一起,然而第二个过程是分散在体系中,请问这两个应该采用那种过程?

图一.png (17.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

图一

图一

图二.png (651.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

图二.png

图三.png (17.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

图三.png

图四.png (735.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

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发表于 Post on 2023-10-11 11:26:42 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-10-11 09:34
谢谢老师回复,那个已经解决了。还有一个问题希望的到您的解答
我在使用Gromacs做模拟计算时,体系是液 ...

原理上跑无穷长时间结果是一样的
第二种模拟在300K下再跑几十ns看看
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-11 12:29:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-11 11:26
原理上跑无穷长时间结果是一样的
第二种模拟在300K下再跑几十ns看看

就是说可能最后都是类似第一种过程那种情况吗?

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发表于 Post on 2023-10-11 12:42:04 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-10-11 12:29
就是说可能最后都是类似第一种过程那种情况吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-11 15:31:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjw 于 2023-10-11 15:32 编辑

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-25 19:08:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-5 11:41
用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://so ...

老师您好,如果实在找不到溶剂的介电常数,那是不是RESP2就不能用了啊,如果是这种情况应该使用哪种电荷呢?还有就是在这种体系中amber力场和oplsaa力场应该选择哪种力场更加合适呢?我看您博文里面说RESP2是对amber力场用的,那如果是oplsaa力场用哪种电荷合适呢?

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发表于 Post on 2023-10-26 05:47:02 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-10-25 19:08
老师您好,如果实在找不到溶剂的介电常数,那是不是RESP2就不能用了啊,如果是这种情况应该使用哪种电荷 ...

估计一个值或者用特征相近的溶剂的值凑合

OPLS-AA用1.2*CM5是首选
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-26 08:02:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-26 05:47
估计一个值或者用特征相近的溶剂的值凑合

OPLS-AA用1.2*CM5是首选

收到。谢谢老师
老师,我看这1.2*CM5这脚本里面没有溶剂效应,是不用考虑嘛?
还有就是如果我用opls力场就体系里面的阴离子要用文献中离子液体的力场,溶剂使用ligpargen,这个是不是不用修改电荷啊

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发表于 Post on 2023-10-26 08:21:47 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2023-10-26 08:02
收到。谢谢老师
老师,我看这1.2*CM5这脚本里面没有溶剂效应,是不用考虑嘛?
还有就是如果我用opls力 ...

CM5电荷部分在气相下计算,乘1.2已经等效体现了溶剂效应的极化。但这是对水溶剂而言的,不适合其它溶剂。对其它溶剂,从原理上也没有比RESP2(0.5)更适合的

ligpargen直接给你的原子电荷对于当前情况并不是最理想的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-26 09:24:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-26 08:21
CM5电荷部分在气相下计算,乘1.2已经等效体现了溶剂效应的极化。但这是对水溶剂而言的,不适合其它溶剂。 ...

收到,谢谢老师解答

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