求助水蒸气异质成核中如何固定颗粒在体系中心

LWM · 发表于 Post on 2023-10-27 17:08:02

各位前辈好，我打算用gromacs复现文献中水蒸气在不同尺寸铜纳米颗粒表面上的凝结，目前遇到了如下问题：
1.模拟时如何固定CU颗粒的位置在体系中心呢？
2.不同的文献在正式模拟时既有采用NVT系综的也有采用NVE系综的，请问二者的区别在哪儿呢？哪一个系综对于最终的成核结果更好呢？
3.想请各位前辈帮忙看看我的top是否有问题。
以下是文献中CU的参数以及我的gro及top：
部分问题可能对于前辈比较幼稚，但因为刚接触这块，请见谅！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-28 04:05:51

1 mdp里用freeze，将Cu颗粒的组冻住，或者用位置限制势。看下文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

2 如果你需要模拟过程中始终保持特定温度，应当用NVT

LWM · 发表于 Post on 2023-10-29 10:10:37

本帖最后由 LWM 于 2023-10-29 10:11 编辑

好的，感谢sob老师，再请问下sob老师，我的top这样没问题么？

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