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[CP2K] CP2K如何使用DFTB3-D3H5

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想使用DFTB3-D3H5作为QM/MM MD的QM区域计算方法,我对CP2K并不熟悉打算通过修改Gromacs自动生成的输入文件来实现。请问DFTB3要怎么添加色散和氢键矫正?手册上一堆参数眼花缭乱的看得我不明所以,DISPERSION_TYPE是设为D3还是D3(BJ)?HB_SR_GAMMA T是用来开启氢键矫正的吗?HB_SR_PARAM后的参数是用来指定氢键矫正是H4还是H5的吗?有很多矫正相关的参数都可以自定义,有哪些需要修改?有无DFTB3-D3H5的输入示例文件?

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发表于 Post on 2023-10-26 05:51:48 | 只看该作者 Only view this author
没例子文件。若无特殊情况,用GFN1-xTB就完了,省事得多,省得折腾乱七八糟参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-26 15:19:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-26 05:51
没例子文件。若无特殊情况,用GFN1-xTB就完了,省事得多,省得折腾乱七八糟参数

感谢老师回复,我尝试过用Amber+ORCA+GFN2-xTB,发现XTB对于不到200个原子的体系并行效率不高,40核并行时的计算速度只比单核快一倍,GFN1-xTB也会有类似的问题吗?考虑到并行后的计算速度,我还是想用DFTB3。

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发表于 Post on 2023-10-27 07:37:14 | 只看该作者 Only view this author
ZetaFunction 发表于 2023-10-26 15:19
感谢老师回复,我尝试过用Amber+ORCA+GFN2-xTB,发现XTB对于不到200个原子的体系并行效率不高,40核并行 ...

不同程序之间没可比性
而且形式上GFN1-xTB和SCC-DFTB高度相似,其中一个并行效率低的话另一个不可能并行效率高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-27 14:40:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-27 07:37
不同程序之间没可比性
而且形式上GFN1-xTB和SCC-DFTB高度相似,其中一个并行效率低的话另一个不可能并行 ...

感谢老师解答,CP2K的输入文件太复杂了,GFN1-xTB官网上有现成的模板,我打算实在搞不明白DFTB3-D3H5就用GFN1-xTB了。请问GFN1-xTB相比GFN2-xTB的精度如何呢?我看过一篇针对蛋白-配体的Benchmark文章,测试结果中综合表现一骑绝尘远远领先于其他半经验方法的就是GFN2-xTB和DFTB3-D3H5,几乎已经逼近B3LYP-D3,但是这篇文章没有测试过GFN1-xTB。

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发表于 Post on 2023-10-28 03:45:27 | 只看该作者 Only view this author
ZetaFunction 发表于 2023-10-27 14:40
感谢老师解答,CP2K的输入文件太复杂了,GFN1-xTB官网上有现成的模板,我打算实在搞不明白DFTB3-D3H5就用 ...

没有理由不用Multiwfn产生输入文件
敲几下键盘立刻产生设置合理、正确的输入文件,没法更容易了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html

北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)培训里几乎所有例子的输入文件都是用Multiwfn产生的,诸如用GFN1-xTB做AIMD:



GFN2-xTB的精度和GFN1-xTB半斤八两,优势有一丁点但不明显

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 04:15:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-28 03:45
没有理由不用Multiwfn产生输入文件
敲几下键盘立刻产生设置合理、正确的输入文件,没法更容易了
使用Mu ...

感谢老师解答。

我尝试用Multiwfn生成了DFTB3的输入文件,DISPERSION T添加的色散矫正是DFTB3-D3所对应的D3矫正吗?我看DFTB+手册里给出了s6,s8等等参数,应该是需要手动设置的。

我仔细查阅了一些文献,发现HB_SR_PARAM参数对应的是Gamma-damping矫正,好像是一种比较老的氢键矫正形式,不是H4或者H5矫正。请问CP2K可以实现DFTB3-D3H5或者DFTB3-D3H4吗?我没有找到可以启用H4或H5矫正的选项,还是说通过加载一些参数文件可以实现?同样的,CP2K中可以使用PM6-D3H4吗?我同样没有找到开启氢键矫正所对应的选项。

如果CP2K不能使用DFTB3-D3H5和PM6-D3H4,那我就考虑用GFN1-xTB了。CP2K是否是内置了实现GFN1-xTB的代码而不是简单调用XTB程序?我听说XTB程序并没有重点优化中小体系下的并行性能所以加速比不高,如果CP2K基于其原理重写代码的话可能会有所改善。

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发表于 Post on 2023-10-28 04:22:01 | 只看该作者 Only view this author
ZetaFunction 发表于 2023-10-28 04:15
感谢老师解答。

我尝试用Multiwfn生成了DFTB3的输入文件,DISPERSION T添加的色散矫正是DFTB3-D3所对 ...

不是。
参考培训班ppt:





CP2K的GFN1-xTB代码是原生的,CP2K开发者自己写的


没有理由用PM6-D3H4,不会比GFN1-xTB有什么明显好处。老老实实用GFN1-xTB就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 04:32:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-28 04:22
不是。
参考培训班ppt:

感谢老师解答。

也就是说目前CP2K没法使用DFTB3-D3H5或DFTB3-D3H4是吗?那我就决定用GFN1-xTB了。

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发表于 Post on 2023-10-28 04:32:58 | 只看该作者 Only view this author
ZetaFunction 发表于 2023-10-28 04:32
感谢老师解答。

也就是说目前CP2K没法使用DFTB3-D3H5或DFTB3-D3H4是吗?那我就决定用GFN1-xTB了。

没法
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