如何进行指定形状的分子动力学模型搭建？

zhujiabao · 发表于 Post on 2023-10-28 16:29:05

请教社长和各位老师，如何构建下图的模型：在材料表面抠出不同长径比的，不同深度的，不同数量的倒三角形沟槽。或者说，如何在模型构建的过程中，构建指定形状的模型？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-10-28 22:08:10

如果你已经有了完整的模型，希望通过去掉一些原子的方式获得各种有沟槽的模型，可以考虑用VMD，通过选择语句可以选中不属于三角形区域的原子，然后保存选中的部分即可，选择语法参考http://sobereva.com/504

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[GROMACS] 如何进行指定形状的分子动力学模型搭建？