gromacs探究盐溶液对多糖的影响进行nvt时LINCS WARNING

szombies · 发表于 Post on 2023-12-8 11:06:03

各位老师好，我打算利用gromacs模拟探究盐溶液对多糖的影响，按照文献里面的做法，Materials studio建模后先用antechamber计算电荷，随后通过tleap创建分子在glycam力场下的坐标文件和拓扑文件，最后用gromacs进行计算。
但是在nvt时出现LINCS WARNING，于是用一个多糖分子进行模拟排查，能量最小化后还是在nvt的时候出现LINCS WARNING，试过更改mdp文件还是会这样。
通过VMD查看能量最小化后的gro文件，发现部分氢原子与碳原子化学键断裂，并且部分原子之间自动成键，接着导入轨迹文件发现只有两帧。
请问下各位老师这种情况该怎么解决？是不是top文件有问题？谢谢各位老师！

tleap.zip (29.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

topol.top (99.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

mix.gro (5.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

minim.mdp (1.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

em.gro (5.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

em.xtc (612 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

nvt.mdp (1.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-8 11:20:56

自行检查拓扑文件里的参数、成键相关的项都是否合理，并且确保坐标文件里的原子顺序和拓扑文件里[atoms]中的相符

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[GROMACS] gromacs探究盐溶液对多糖的影响进行nvt时LINCS WARNING

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