关于pdb文件中CONNECT的疑问

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-9-25 20:15:06

最近遇到一个问题，在MD计算过程中得到了pdb文件，先后导入MS、VMD（虽然用sob老师的tcl脚本实现了，但是为什么vmd
不能够自己支持呢）、Gview中都不能体现处CONNECT字段的连接。请问大家有没有那个工具能够直接体现出来的（否则要这个字段意义何在呢）。另外就是像苯环这种不是单键的键信息是不是就丢了，因为我的模型是聚合物，所以苯环很多，想软件软件传递中保留这些信息，尤其是导入MS中单双键分的特别清！
其实如果能够有一个格式能够把键连接与原子坐标在这几个软件中传递，就能满足要求了。请问除了pdb还有什么格式能够做到的，谢谢大家。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-25 20:36:03

事先得到mol2文件，其中有键级信息，然后写个脚本与MD的输出文件的信息合并一下就行了

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-9-25 20:43:12

liyuanhe211 发表于 2016-9-25 20:36
事先得到mol2文件，其中有键级信息，然后写个脚本与MD的输出文件的信息合并一下就行了

多谢多谢。刚刚比对这些文件才发现键级原来是可以随着文件走的。mdf文件中也有的。
请问我要把这个信息合并到哪个文件呢。还有那pdb文件中的connect难道真的没什么用么。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-25 20:46:32

dark_cosmos 发表于 2016-9-25 20:43
多谢多谢。刚刚比对这些文件才发现键级原来是可以随着文件走的。mdf文件中也有的。
请问我要把这个信息 ...

有用，只不过是只知道相连、不存储键级而已。

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-9-25 20:50:19

liyuanhe211 发表于 2016-9-25 20:46
有用，只不过是只知道相连、不存储键级而已。

问题是导入进来了软件都不去读取connect，只根据距离自己判断是否成键阿

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-9-25 20:59:06

dark_cosmos 发表于 2016-9-25 20:50
问题是导入进来了软件都不去读取connect，只根据距离自己判断是否成键阿

只是你试过的软件没有专门做这件事情而已。。最笨的比如Chem3D就可以（如下），量化为主的软件对键级问题常常不那么关心。

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[综合交流] 关于pdb文件中CONNECT的疑问

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