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[综合交流] 产生otac离子基团拓扑文件过程中用orca做分子结构优化中的问题

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楼主
各位老师好!  
我想搭建基于oplasaa力场下PEO+OTAC+水的全原子体系,用gromacs进行计算。
在搭建过程中使用sobtop生成itp和top文件。在论坛看了很多sob老师的帖子,发现需要用Gaussian或者orca对结构进行优化然后用multiwfn计算1.2CM5来修正sobtop生成的文件。
但是使用Gaussian计算利用b3lyp/def2TZVP基组优化peo、otac离子基团  计算十分慢   且只能计算一个(用的win     g16w)于是想采用orca进行计算来获取电荷信息。

同样是win系统下安装了orca5.0.3
构建了otac的离子基团   用orca计算很快就停了。   由于不太熟悉oacr     不太清楚问题出来哪里    以下是计算的输入输出和报错信息
------------------------------------------------------------------------------
! opt freq b3lyp d3 def2-svp
%pal
   nprocs 6
end
%MaxCore 3200    #MB
*xyz 1 1
C         -5.92400       -0.22900       -0.13100
H         -5.73900       -1.24800       -0.40000
H         -5.42900       -0.00700        0.79100
H         -5.55200        0.41500       -0.90000
C         -7.43900       -0.00900        0.03400
H         -7.62400        1.01100        0.30200
H         -7.93500       -0.23000       -0.88800
C         -7.97500       -0.93600        1.14100
H         -7.48000       -0.71400        2.06300
H         -7.79000       -1.95500        0.87300
C         -9.49000       -0.71600        1.30600
H         -9.98600       -0.93700        0.38400
H         -9.67500        0.30400        1.57400
C        -10.02600       -1.64300        2.41300
H         -9.53000       -1.42100        3.33500
H         -9.84100       -2.66200        2.14500
C        -11.54100       -1.42200        2.57800
H        -12.03700       -1.64400        1.65600
H        -11.72600       -0.40300        2.84700
C        -12.07700       -2.35000        3.68500
H        -11.58100       -2.12800        4.60700
H        -11.89200       -3.36900        3.41700
C        -13.59200       -2.12900        3.85100
H        -14.08800       -2.35100        2.92800
H        -13.77700       -1.11000        4.11900
C        -14.12800       -3.05700        4.95700
H        -13.63200       -2.83500        5.87900
H        -13.94300       -4.07600        4.68900
C        -15.64300       -2.83600        5.12300
H        -16.13800       -3.05800        4.20100
H        -15.82800       -1.81700        5.39100
C        -16.17900       -3.76400        6.22900
H        -15.68300       -3.54200        7.15100
H        -15.99400       -4.78300        5.96100
C        -17.69400       -3.54300        6.39500
H        -18.18900       -3.76500        5.47300
H        -17.87900       -2.52400        6.66300
C        -18.23000       -4.47000        7.50200
H        -17.73400       -4.24900        8.42400
H        -18.04500       -5.49000        7.23300
C        -19.74500       -4.25000        7.66700
H        -20.24000       -4.47200        6.74500
H        -19.93000       -3.23100        7.93500
C        -20.28000       -5.17700        8.77400
H        -19.78500       -4.95600        9.69600
H        -20.09600       -6.19700        8.50600
C        -21.79600       -4.95700        8.93900
H        -22.29100       -5.17900        8.01700
H        -21.98100       -3.93800        9.20700
C        -22.33100       -5.88400       10.04600
H        -21.83600       -5.66200       10.96800
H        -22.14600       -6.90300        9.77800
C        -23.84700       -5.66400       10.21100
H        -24.34200       -5.88600        9.28900
H        -24.03100       -4.64500       10.48000
N        -24.35800       -6.54900       11.26800
C        -25.80400       -6.33800       11.42600
H        -26.30000       -6.56000       10.50400
H        -26.17600       -6.98300       12.19500
H        -25.98900       -5.31900       11.69400
C        -24.10400       -7.94900       10.89900
H        -24.47600       -8.59300       11.66800
H        -24.59900       -8.17100        9.97700
H        -23.05100       -8.10200       10.78400
C        -23.67700       -6.24400       12.53400
H        -22.62400       -6.39700       12.41900
H        -23.86200       -5.22500       12.80300
H        -24.04900       -6.88800       13.30300
*

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ORCA: too many arguments -
      Additional mpi parameters have to be given as a single string!

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------

WARNING: Geometry Optimization
  ===> : Switching off AutoStart
         For restart on a previous wavefunction, please use MOREAD

INFO   : the flag for use of the SHARK integral package has been found!


    -----------------------------------------------------------------

Number of atoms                         .... 68
Number of degrees of freedom            .... 388

ORCA finished by error termination in GSTEP
Calling Command: orca_gstep 1.ginp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run






1.inp

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发表于 Post on 2023-11-5 08:22:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2023-11-5 08:31 编辑

极大极大极大概率是分子结构式画的太离谱,我用Multiwfn载入这个inp文件,是无法查看结构的。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2023-11-5 12:33:06 | 只看该作者 Only view this author
sobtop根本不支持OPLS-AA
没有理由不用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件
把sobtop主页上的文字和例子认真看了http://sobereva.com/soft/Sobtop

直接用下文的脚本,优化完的结构和RESP/RESP2(0.5)电荷直接就超级容易地出来了,根本不需要你自己会用Gaussian或ORCA
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

def2-TZVP做优化能不慢么,这么贵的基组本来就不是多数情况下优化该用的。
看下文了解常识
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-6 08:05:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-5 12:33
sobtop根本不支持OPLS-AA
没有理由不用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件
把sobtop主页上的文字和例子认真看 ...

好的     非常感谢老师    我认真看看这些贴文

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