差分电荷密度图成键结构分析求助

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-7 20:58:45

想问下各位，我在计算图中这个模型的时候，理论上吸附能很低，并且吸附质分子与石墨烯表面不成键，这样画出来的差分电荷图对吗，为什么感觉石墨烯表面与吸附质分子一层的是蓝色，而另一侧是黄色，这是意味着表面C电荷平衡吗

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-7 21:28:00

问这类问题需要明确说清楚颜色代表的含义，否则图像没有任何意义

看上去明显不正常，密度差计算过程有问题

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-7 21:35:18

sobereva 发表于 2020-12-7 21:28
问这类问题需要明确说清楚颜色代表的含义，否则图像没有任何意义

看上去明显不正常，密度差计算过程有问 ...

黄色代表电荷聚集，蓝色代表失去电荷。我计算是用VASP计算的，首先分别计算了AB、A、B构型的电荷，然后用vesta分别以此导入相减。

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-7 21:39:39

这个图片是用同样的方法计算的其它体系的差分电荷密度，这个有问题吗

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-7 21:47:59

sobereva 发表于 2020-12-7 21:28
问这类问题需要明确说清楚颜色代表的含义，否则图像没有任何意义

看上去明显不正常，密度差计算过程有问 ...

您好，我还想问一下就是在计算石墨烯这种二维体系吸附其他物种的时候，需要额外添加电场或偶极参数等吗，我计算的这个会不会跟这些因素有关

DMYYCG · 发表于 Post on 2020-12-10 10:06:37

你的真空层是多少，感觉像是真空层太小

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-11 16:23:00

DMYYCG 发表于 2020-12-10 10:06
你的真空层是多少，感觉像是真空层太小

我的真空层设置的是15

DMYYCG · 发表于 Post on 2020-12-11 17:12:09

本帖最后由 DMYYCG 于 2020-12-11 17:15 编辑

科研菜菜发表于 2020-12-11 16:23
我的真空层设置的是15

吸附分子与石墨烯表面的距离是多少？减了吸附分子的CHGCAR么？

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-14 16:00:46

DMYYCG 发表于 2020-12-11 17:12
吸附分子与石墨烯表面的距离是多少？减了吸附分子的CHGCAR么？

我找到问题所在了，在计算吸附分子的电荷时不小心改变了位置坐标，所以就出现了这种错误

DMYYCG · 发表于 Post on 2020-12-16 11:36:41

科研菜菜发表于 2020-12-14 16:00
我找到问题所在了，在计算吸附分子的电荷时不小心改变了位置坐标，所以就出现了这种错误

改变位置坐标你只什么，优化完坐标是本来就有改变的呀，再自洽也是原来的优化后改变的坐标啊

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-12-17 20:04:15

DMYYCG 发表于 2020-12-16 11:36
改变位置坐标你只什么，优化完坐标是本来就有改变的呀，再自洽也是原来的优化后改变的坐标啊

就是在优化AB后，计算B的时候直接减去A，而不是单独再优化B

lyl0401 · 发表于 Post on 2022-12-4 19:14:19

DMYYCG 发表于 2020-12-16 11:36
改变位置坐标你只什么，优化完坐标是本来就有改变的呀，再自洽也是原来的优化后改变的坐标啊

就是在优化AB后，计算B的时候直接减去A，而不是单独再优化B
您好，这个减去操作是怎么做的呀？

lyl0401 · 发表于 Post on 2022-12-4 19:14:55

科研菜菜发表于 2020-12-17 20:04
就是在优化AB后，计算B的时候直接减去A，而不是单独再优化B

是直接用VASTA嘛？还是

Sharkpeppers · 发表于 Post on 2023-11-6 10:24:37

lyl0401 发表于 2022-12-4 19:14
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