计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 709|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:关于AWH设置的一些问题

[复制链接 Copy URL]

109

帖子

0

威望

499

eV
积分
608

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近学习了关于pull指令中AWH的模拟,想请教一下各位老师,我不明白在pull可以用pull-coord1-dim设置不同维度的牵引,但awh的维度用awh1-ndim设置和pull一样的维度的时候,系统会出现报错,意思是说在awh每设置一个维度需要一个对应的pull-ncoods,但我只有一个拉动的坐标如何在xy方向上应用awh进行在平面上的拉动,是需要xy方向上分别拉动吗?
pull                     = yes                 ; The reaction coordinate (RC) is defined using pull coordinates.
pull-ngroups             = 1                   ; The number of atom groups needed to define the pull coordinate.
pull-ncoords             = 1                   ; Number of pull coordinates.
pull-nstxout             = 10000               ; Step interval to output the coordinate values to the pullx.xvg.
pull-nstfout             = 10000               ; Step interval to output the applied force (skip here).

pull-group1-name         = Li                 ; Name of pull group 1 corresponding to an entry in an index file.
;pull-group2-name         = SO3                 ; Same, but for group 2.

pull-coord1-origin       = 0.0 0.0 1.4                                   
pull-coord1-groups       = 0 1                 ; Which groups define coordinate 1? Here, groups 1 and 2.
pull-coord1-geometry     = direction-periodic            ; How is the coordinate defined? Here by the COM distance.
pull-coord1-vec          = 1.0 1.0 1.0
pull-coord1-dim          = Y Y N
pull-coord1-start        = yes
pull-coord1-type         = external-potential  ; Apply the bias using an external module.
pull-coord1-potential-provider = AWH           ; The external module is called AWH!

awh                      = yes                 ; AWH on.
awh-nstout               = 100000              ; Step interval for writing awh*.xvg files.
awh-nbias                = 1                   ; One bias, could have multiple.
awh1-ndim                = 1                   ; Dimensionality of the RC, each dimension per pull coordinate.
awh1-dim1-coord-index    = 1                   ; Map RC dimension to pull coordinate index (here 1-->1)
awh1-dim1-start          = 0.02                ; Sampling interval min value (nm)
awh1-dim1-end            = 3.70                ; Sampling interval max value (nm)
awh1-dim1-force-constant = 150000              ; Force constant of the harmonic potential (kJ/(mol*nm^2))
awh1-dim1-diffusion      = 5e-5                ; Estimate of the diffusion (nm^2/ps)
;awh1-dim2-coord-index    = 1                   ; Map RC dimension to pull coordinate index (here 1-->1)
;awh1-dim2-start          = 0.02                ; Sampling interval min value (nm)
;awh1-dim2-end            = 3.40                ; Sampling interval max value (nm)
;awh1-dim2-force-constant = 150000              ; Force constant of the harmonic potential (kJ/(mol*nm^2))
;awh1-dim2-diffusion      = 5e-5                ; Estimate of the diffusion (nm^2/ps)
awh-share-multisim       = yes                 ; Share bias across simulations
awh1-share-group         = 1                   ; Non-zero share group index
awh1-equilibrate-histogram = yes               ; Ensure histogram is close to target before decreasing the update size

上述是我的pull代码,如果我在awh上只拉动一个维度是可以的,但我加入注释掉的部分就会出现报错,请问我在pull上设置了俩个方向pull-coord1-dim          = Y Y N,在awh设置一个维度是拉动的俩个维度还是只有一个维度呢?

109

帖子

0

威望

499

eV
积分
608

Level 4 (黑子)

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 10:57:23 | 只看该作者 Only view this author
已解决,应用不同bias解决awh维度问题

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 14:46 , Processed in 0.155275 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list