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[VMD] 建立盒子后分子位置变化如何调整?

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图1是一个MOF结构,因为周期对称性,在这个视角下最外层的原子和内层发生重合,能很容易看清楚这个结构。


图2是用Packmol建立盒子后的效果,两边分别是离子,中间的MOF结构明显发生了偏移,导致与图1相同视角下的差异,最外层和内层的原子没有重合,看起来很模糊,使整个结构看起来混乱。


图3是将绕x轴旋转2度后的效果,可以看到中间MOF的外层原子和内层原子再次重合,能清楚看清其结构。请问怎样能在图2视角下实现图3中MOF结构重合的效果?因为图3虽然能通过旋转实现,但是上下的方框却不是重合的,看起来很突兀。

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发表于 Post on 2023-11-7 08:30:18 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在帖子标题里写【vmd】这种标签,给你改了,以后注意
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发表于 Post on 2023-11-7 10:01:13 | 只看该作者 Only view this author
说清楚是怎么用packmol产生的体系
如果中间部分插入时设置了约束不允许自动旋转,不应当有这个问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 10:45:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 10:01
说清楚是怎么用packmol产生的体系
如果中间部分插入时设置了约束不允许自动旋转,不应当有这个问题

谢谢老师提醒,使用packmol建立体系的inp文件如图所示

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发表于 Post on 2023-11-8 10:51:44 | 只看该作者 Only view this author
L228870573 发表于 2023-11-7 10:45
谢谢老师提醒,使用packmol建立体系的inp文件如图所示

按下文说的,给插入zif8的部分加入constrain_rotation设置,要求不能旋转
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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