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[GROMACS] 聚合物的分子动力学模拟不出现吸附特征的问题

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楼主
我在一个含有油水两相的模拟盒子空间中加入带有三个负电荷的阳离子聚合物(3个单体组成),这个聚合物理论上应该非常倾向于吸附在油水界面上,但我做了40ns的模拟他们还是游离在水相中,一点吸附情况都没有,请问这种情况怎么解决,是我的聚合物有点小体现不出吸附特性吗,可文献中的3个单体的聚合物可以在固体表面体现出明显吸附特性,望各位前辈赐教。

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发表于 Post on 2024-2-28 06:45:28 | 只看该作者 Only view this author
不同体系之间往往没有可比性,弄清楚体系的差异

水对带电荷物质的稳定化程度远高于非极性溶剂,离子自然倾向于在水中分布,除非聚合物的非极性链与油相的亲合性确实能导致聚合物自发分布到油水界面上
也不排除是模拟自身的问题,没细节没法说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 15:47:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-28 06:45
不同体系之间往往没有可比性,弄清楚体系的差异

水对带电荷物质的稳定化程度远高于非极性溶剂,离子自然 ...

感谢老师回复,聚合物这方面还只是试着做做,请问老师聚合物是不是用粗粒化做好一点,我看许多文献中用粗粒化做出的效果都很不错。这两者都分别适合于什么场景呀。

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发表于 Post on 2024-2-28 23:49:41 | 只看该作者 Only view this author
upccr 发表于 2024-2-28 15:47
感谢老师回复,聚合物这方面还只是试着做做,请问老师聚合物是不是用粗粒化做好一点,我看许多文献中用粗 ...

全原子能跑得动的情况就没有丝毫理由用更粗糙的粗粒化
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