计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1341|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助关于含离子模拟的拓扑文件生成问题

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

121

eV
积分
131

Level 2 能力者

要模拟含盐离子的体系时,用LigParGen生成拓扑文件时,出现报错提示,Found residue ligand O该如何解决。
具体的建模流程:Gaussview建模,Gaussian优化,将.out文件保存为.pdb文件,放入LigParGen中生成,就出现问题了,
请问这个流程中哪里需要进行改进。
(新手实在不太了解含盐离子模拟过程,之前在不含盐离子的体系中用这个流程成功实现了模拟,所以现在出问题感觉就是盐离子的建模出现了纰漏)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-11-3 03:03:52 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-11-3 04:03:52 | 只看该作者 Only view this author
说具体什么含盐离子。

如果不是有极特殊理由非得用OPLS-AA力场的话,强烈建议用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生基于GAFF力场的拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

121

eV
积分
131

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 13:03:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-3 04:03
说具体什么含盐离子。

如果不是有极特殊理由非得用OPLS-AA力场的话,强烈建议用sobtop(http://sobereva ...

是阴离子聚丙烯酰胺的一个单体,模拟它与沥青质在油水界面上的关系,请问老师通常这种体系用什么力场,之前oplsaa感觉算的也并不准确

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-11-8 15:14:47 | 只看该作者 Only view this author
upccr 发表于 2023-11-8 13:03
是阴离子聚丙烯酰胺的一个单体,模拟它与沥青质在油水界面上的关系,请问老师通常这种体系用什么力场,之 ...

GAFF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

121

eV
积分
131

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 17:08:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 upccr 于 2023-11-9 17:18 编辑

请问老师GAFF力场在top文件中怎么include,直接将#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"替换为#include "GAFF.itp"吗(GAFF.itp来自老师做的Sobtop的文件包),而且itp文件中前面的[ atomtypes ]要放到哪里,之前按教程是放在ffnonbonded文件的后面。

GTYSI]}D(D8FCQCG{Z88M35.png (12.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

GTYSI]}D(D8FCQCG{Z88M35.png

F}37N2@DL~1)V5VK0WXL0J4.png (29.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

F}37N2@DL~1)V5VK0WXL0J4.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-11-9 17:40:34 | 只看该作者 Only view this author
upccr 发表于 2023-11-9 17:08
请问老师GAFF力场在top文件中怎么include,直接将#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"替换为#include "G ...

自行看sobtop产生的.top文件里是什么信息、形式便知。sobtop给的itp和top直接结合就能跑此分子的动力学

没必要非得#include "GAFF.itp",top文件里[atomtypes]里把当前用的原子类型都定义就够了



PS:如果对拓扑文件的概念非常糊涂的话,gromacs根本没法用。最好系统完整学一遍,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里都深入详细讲了


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

121

eV
积分
131

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 19:43:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 17:40
自行看sobtop产生的.top文件里是什么信息、形式便知。sobtop给的itp和top直接结合就能跑此分子的动力学
...

感谢老师的建议,目前研一才接触分子动力学,基本上是用GROMACS进行机理证明,后面真有需要的话一定去参加老师的培训班

109

帖子

0

威望

499

eV
积分
608

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2023-11-10 11:39:17 | 只看该作者 Only view this author
upccr 发表于 2023-11-9 19:43
感谢老师的建议,目前研一才接触分子动力学,基本上是用GROMACS进行机理证明,后面真有需要的话一定去参 ...

关于这个网站我试过用gview的pdb文件直接用来生成小分子itp基本上是一定会报错的,如果你的分子不太复杂的话可以试着自己去画一个分子,这样可以保证不出现这样的错误,至于这个错误的问题,可能是因为这个网站生成itp时只允许一个残基出现(当然我也不确定

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 00:08 , Processed in 0.176683 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list