求助：cp2k aimd计算二维表面原子吸附，吸附原子跑出模拟盒子边界正常吗？

liheng · 发表于 Post on 2023-11-9 23:35:51

本帖最后由 liheng 于 2023-11-9 23:37 编辑

在利用cp2k aimd模拟多层（Multi-layers)原子吸附/沉积，结束后发现很多上层的沉积原子都跑出了模拟盒子的边界（X或Y坐标为负），请问这种情况正常吗？之前用过一段时间的LAMMPS，在LAMMPS中如果一个原子从边界出去，因为周期性，势必会有一个原子从另一个边界进来。可是用VMD看cp2k模拟的动画，并没有看到这种情况，原子跑出去就跑出去了。以下是输出如文件和输出的.xyz文件

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-10 07:19:25

VMD的轨迹记录时不考虑PBC。用VMD做个wrap就完了

reid · 发表于 Post on 2023-11-13 23:20:48

跟着sob大神学的：
先在vmd里面用 pbc set建立盒子，然后用pbc wrap -all 把所有原子都卷入盒子

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[CP2K] 求助：cp2k aimd计算二维表面原子吸附，吸附原子跑出模拟盒子边界正常吗？