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[Gaussian/gview] 求助:g16A03不能使用大于12个核计算

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楼主
本帖最后由 Novice 于 2020-12-15 18:31 编辑

如题,我使用的电脑为双路Platinum 8173M(56核112线程) ,内存190G,系统为ubuntu18.04(非虚拟机),安装gaussian16 A03 AVX2后,最多只能使用12个核进行计算,一旦调用的核数较大,就会出现以下报错
  1. $ g16 ben.gjf
  2. Requested invalid number of cpus: 16
  3. Error: Requested invalid number of cpus.
  4.   /opt/g16/l1.exe() [0x7b1175]
  5.   /opt/g16/l1.exe() [0x7b1381]
  6.   /opt/g16/l1.exe() [0x7ac4b5]
  7. Aborted (core dumped)
复制代码
输入文件非常简单,如下:

%nprocshared=12
# opt b3lyp/tzvp em=gd3
……

有没有人遇到过类似情况,怎么解决的?


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发表于 Post on 2020-12-15 15:27:09 | 只看该作者 Only view this author
是不是license的限制?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-15 15:32:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-15 15:27
是不是license的限制?

应该不是,同样的文件复制到另一个电脑里面发现使用多少核都没有问题。

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发表于 Post on 2020-12-15 15:36:19 | 只看该作者 Only view this author
也没有说硬件配置,
也没有提,
是在虚拟机还是物理主机?
这怎么猜?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-15 15:39:13 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2020-12-15 15:36
也没有说硬件配置,
也没有提,
是在虚拟机还是物理主机?

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发表于 Post on 2020-12-15 18:40:08 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2020-12-15 15:32
应该不是,同样的文件复制到另一个电脑里面发现使用多少核都没有问题。

“同样的文件”是同样的高斯安装包?
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2020-12-15 19:19:17 | 只看该作者 Only view this author

如果你有root权限,
并且你的机器,可以对外访问网络,
我可以登录上去看看。

一两句说不清楚。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-15 19:31:40 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-12-15 18:40
“同样的文件”是同样的高斯安装包?

是的,就是同样的安装包复制过去,就修改下环境变量去运行。

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发表于 Post on 2020-12-16 00:52:03 | 只看该作者 Only view this author
export OMP_THREAD_LIMIT=256

或者先echo ${OMP_THREAD_LIMIT} 看看

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发表于 Post on 2020-12-16 12:46:23 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian 16 has four versions below,
1. legacy for when none of the instruction sets listed below are available (no longer needed applicable any of the CHPC resources)
2 SSE4 - version for lonepeak nodes; 12 core nodes on ash
3 AVX - version for all tangent nodes; 16 and 20 core nodes on kingspeak and ash
4 AVX2 - version for 24 and 28 core nodes on kingspeak and ash; notchpeak nodes

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-16 15:26:08 | 只看该作者 Only view this author
winnerwill 发表于 2020-12-16 00:52
export OMP_THREAD_LIMIT=256

或者先echo ${OMP_THREAD_LIMIT} 看看

谢谢,我配置xtb环境变量时,在不清楚OMP_THREAD_LIMIT是啥的情况下设了其为12. 按照此方法已经解决。多谢多谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-16 15:28:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Novice 于 2020-12-16 16:06 编辑
hlmkh 发表于 2020-12-16 12:46
Gaussian 16 has four versions below,
1. legacy for when none of the instruction sets listed below a ...

是AVX2版的,不过你给的这些我还是第一次见,AVX2好像不止能用28核吧?(我按照楼上方法已经解决问题了)

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发表于 Post on 2023-12-7 15:23:58 | 只看该作者 Only view this author
出现类似的问题,也是xtb配置时设定了export OMP_THREAD_LIMIT=N,但不是g16出现问题,而是formchk出现问题,同目录下的cubegen、copychk等也报类似的错误。
后来将N改为小于等于服务器实际的核数即可正常执行。注意如果改为256超出服务器最大核数,依然不能正常使用,会报Requested invalid number of cpus: 256错误。

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