请教立体异构体的对接问题

charmm36

各位老师和前辈，请教一下下面的问题：我要将（2R,3R)-2,3-丁二醇（结构见附图）对接到酶的活性中心，但是对接产生的构象存在其他立体异构体，是不是一定要将（2R,3R)-2,3-丁二醇中所有可旋转键设成不可旋转还是设置其他约束条件？另外有AutoDock Tools查看时，这个简单的小分子结构居然显示有32个键（不太明白，怎么数也没有这么多啊），万望指教！非常感谢！

备注：2,3-丁二醇有3种立体异构体，（2R,3R)-2,3-丁二醇、（2S,3S)-2,3-丁二醇和meso-2,3-丁二醇。

附：（2R,3R)-2,3-丁二醇的mol2格式文件如下：
@<TRIPOS>MOLECULE
225936
16 15 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
      1 O          -0.7996    1.1911    0.7587 O.3     1  UNL1       -0.3895
      2 O           0.8074   -1.1951    0.7526 O.3     1  UNL1       -0.3895
      3 C          -0.6888    0.3479   -0.3861 C.3     1  UNL1        0.0780
      4 C           0.6821   -0.3426   -0.3840 C.3     1  UNL1        0.0780
      5 C          -1.8408   -0.6502   -0.3691 C.3     1  UNL1       -0.0365
      6 C           1.8397    0.6489   -0.3721 C.3     1  UNL1       -0.0365
      7 H          -0.7856    0.9805   -1.2765 H       1  UNL1        0.0616
      8 H           0.7611   -0.9741   -1.2767 H       1  UNL1        0.0616
      9 H          -1.8434   -1.2417    0.5527 H       1  UNL1        0.0255
     10 H          -1.7919   -1.3289   -1.2258 H       1  UNL1        0.0255
     11 H          -2.7992   -0.1203   -0.3991 H       1  UNL1        0.0255
     12 H           1.7608    1.3641   -1.1964 H       1  UNL1        0.0255
     13 H           1.8912    1.1972    0.5744 H       1  UNL1        0.0255
     14 H           2.7928    0.1167   -0.4688 H       1  UNL1        0.0255
     15 H          -0.2227    1.9606    0.6179 H       1  UNL1        0.2099
     16 H           1.6714   -1.6375    0.6946 H       1  UNL1        0.2099
@<TRIPOS>BOND
     1     1     3    1
     2     1    15    1
     3     2     4    1
     4     2    16    1
     5     3     4    1
     6     3     5    1
     7     3     7    1
     8     4     6    1
     9     4     8    1
    10     5     9    1
    11     5    10    1
    12     5    11    1
    13     6    12    1
    14     6    13    1
    15     6    14    1

charmm36

再次麻烦各位前辈指教一下，万分感谢！

abdoman

是不是设置问题。
小分子构象搜索的时候，设置了允许搜索所有构象？

charmm36

abdoman 发表于 2023-11-14 14:26
是不是设置问题。
小分子构象搜索的时候，设置了允许搜索所有构象？

设置的时候是允许搜索所有构象，后来有人说单键的旋转不会导致立体特异性的改变，不知道是真的吗？

abdoman

“单键的旋转不会导致立体特异性的改变” 肯定是不改变的。

charmm36

abdoman 发表于 2023-11-20 08:40
“单键的旋转不会导致立体特异性的改变” 肯定是不改变的。

嗯嗯，好的，谢谢